中国生物化学与分子生物学报

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赵元茵;王元忠;曹念;周度金;李渝萍

中国生物化学与分子生物学报. 2009, 25(08): 683-689.

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真核细胞核膜上的核孔复合体 (nuclear pore complex, NPC) 是细胞核内外进行物质交换的主要通道, 分子量较小的化合物可自由通过NPC或采取被动扩散的方式进入细胞核, 而分子量为50 kD以上的蛋白质则只能通过主动转运进入细胞核. 以这种方式进入细胞核的蛋白质必须在其氨基酸序列上拥有特殊的核定位信号(nuclear localization signal, NLS)以被相应的核转运蛋白(karyopherins) 识别. 核定位信号具有多样性, 包括经典核定位信号(classical NLS,cNLS), 内输蛋白β2识别的核定位信号（又称PY模体-NLS）和其它类型的NLS. 每一类NLS具有相似的特征, 但并不具有完全保守的氨基酸组成. 不同的NLS, 往往对应着各不相同的核输入机制. 而对同一蛋白质来说, 也可能同时拥有几个功能性的NLS. 研究核定位信号一方面可以帮助揭示新的大分子物质核转运机制, 另一方面也有助于发现一些蛋白质的新功能. 本文对常见NLS的分类进行了总结, 并介绍了两种常用的NLS预测软件及鉴定NLS的一般策略.

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.HECT类泛素连接酶对p53家族的调控作用

崔宇，张令强

中国生物化学与分子生物学报. 2009, 25(08): 690-696.

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p53家族成员在细胞生长、组织发育及肿瘤形成等方面都具有十分重要的生物学功能，其自身受到严格调控,泛素化修饰就是其中非常重要的方式之一，作为泛素化过程中决定底物特异性的泛素连接酶E3作用则更加突出.泛素连接酶E3可以分为两类：RING（really interesting new gene）类和HECT（homologous to E6AP C-terminus）类E3近年来，HECT类E3对p53家族的调控效应不断得到揭示.本文综述了HECT类E3在调控p53家族转录活性、稳定性方面的重要作用、分子机制以及其作用对生物体肿瘤形成和生长发育等产生的影响，为进一步完善p53家族调控网络，揭示HECT类E3在肿瘤发生发展及防治中的作用提供参考.

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c-kit和PDGFRA基因对胃肠间质瘤的影响

陈慧娟

中国生物化学与分子生物学报. 2009, 25(08): 697-701.

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胃肠间质瘤(gastrointestinal stromal tumors,GIST)是较常见的人消化道间叶性肿瘤，多发于胃部.尽管有不同临床病理特征，但绝大多数GIST均存在c-kit或血小板衍生生长因子受体α(PDGFRA)基因突变. c-kit、PDGFRA的抑制剂—格列卫是目前主要应用于GIST治疗的分子靶向治疗药物，c-kit、PDGFRA的不同基因状态会对分子靶向治疗药物呈现不同的反应.c-kit基因外显子11发生突变的GIST对格列卫呈现良好的反应，而外显子 9突变对格列卫的反应略差.另外发现,c-kit、PDGFRA基因的二次突变会引起格列卫抗性.本文简要介绍c-kit、 PDGFRA基因与GIST的临床表现、分子靶向治疗之间的关系及其二次突变的特征.

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植物对硼元素的吸收转运机制

夏金婵,何奕騉

中国生物化学与分子生物学报. 2009, 25(08): 702-707.

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硼是植物生长发育所必需的微量元素，但是在世界范围内，土壤中硼含量过高或者过低都会对植物生长产生影响，是农业生产上的主要问题.近来人们对硼的吸收转运机制的研究取得了突破性进展，鉴定了一些硼的转运通道和转运蛋白，例如：NIP5；1、NIP6；1、BOR1和BOR4，并对它们的转运机制有了一些了解.植物在硼缺少的情况下首先通过转运通道NIP5；1把硼吸收到共质体，然后通过转运蛋白BOR1运入中柱；在高硼毒害时，通过转运蛋白BOR4把过多的硼转出植物体，同时在植物中增加糖醇的含量，过表达BOR1或BOR4都能改变植物对硼含量变化的耐受性.因此,对植物中硼吸收转运机制的研究将有利于人们通过生物学手段提高作物对土壤中硼过高或过低的抗性.

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CDK11 P58调节细胞增殖与凋亡机制

余诗灏，孟雁

中国生物化学与分子生物学报. 2009, 25(08): 708-711.

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CDK11 P58属于CDK11/PITSLRE蛋白激酶家族成员，由Cdc2L1和Cdc2L2基因编码，通过使用内部核糖体进入位点（IRES）翻译而来.它在有丝分裂、凋亡、纺锤体形成、微管稳定肿瘤发生发展和中枢神经损伤等方面均有重要作用.目前发现，CDK11 P58能与HBO1、细胞周期蛋白D3、β-1,4-半乳糖转移酶、雌激素受体、雄激素受体等相互作用.进一步研究CDK11 P58的功能将为如肿瘤和代谢疾病的医治带来新的思路.

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雌二醇通过TGFβ1促进前列腺间质细胞MMP-2的表达

苗琳,周颖,石建党,杜小玲,焦鸿丽,张琚

中国生物化学与分子生物学报. 2009, 25(08): 712-718.

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基质金属蛋白酶-2 (matrix metalloproteinase-2, MMP-2)在前列腺间质细胞中表达,转化生长因子β1(transforming growth factor β1, TGFβ1)可以通过上调基质金属蛋白酶的表达促进肿瘤细胞迁移. 我们近期发现，雌二醇可以诱导原代前列腺间质细胞TGFβ1表达. 由此我们提出，雌二醇通过上调TGFβ1促进前列腺间质细胞MMP-2表达的假说. 用实时定量RT-PCR和酶谱电泳技术分别检测添加雌二醇、TGFβ1、雌二醇和TGFβ1中和抗体、TG Fβ1和放线菌素D或TGFβ1和放线菌酮，对前列腺间质细胞系WPMY-1中MMP-2表达的调节作用及其分子机制；荧光素酶活性实验检测TGFβ1对MMP-2启动子活性的影响. 结果显示，雌二醇和TGFβ1均以剂量依赖方式促进WPMY-1中MMP-2蛋白水平表达，而对其mRNA表达没有调节作用. 雌二醇可以在转录和翻译水平上促进TGFβ1表达；TGFβ1不能促进MMP-2启动子的活性；雌二醇对MMP-2蛋白表达的促进作用可以被TGFβ1中和抗体阻断. 放线菌酮而非放线菌素D可以抑制TGFβ1对MMP-2表达的上调作用. 表明雌二醇可以在TGFβ1的介导下促进WPMY-1中MMP-2的表达；TGFβ1对MMP-2表达的促进作用是一种转录后的调节机制.结果提示，雌二醇上调间质细胞MMP-2的表达可能是雌激素参与前列腺癌转移和进展的机制之一.

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.用酵母双杂交系统筛选CENP-E相互作用蛋白

都建;陈立建;沈继龙;花沙沙;姚雪彪

中国生物化学与分子生物学报. 2009, 25(08): 719-726.

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纺锤体检验点(spindle checkpoint)是一个重要的细胞分裂生化调节通路, 可监督染色体正确分离和传代．着丝粒相关蛋白E (centromere-associated protein E, CENP-E)是一个分子量为312 kD的微管马达驱动蛋白，可以衔接纺锤体微管与动点并参与纺锤体检验点调控．为研究CENP-E的作用机理,以其动点结合区域为诱饵蛋白,用酵母双杂交技术从人HeLa细胞 cDNA 文库中筛选出了Nuf2蛋白．体外的pull-down实验和体内的免疫共沉淀实验表明, Nuf2蛋白通过其卷曲螺旋(coiled-coil) 功能域特异结合CENP-E的 C 末端区域，间接免疫荧光显示Nuf2与CENP-E共定位于细胞有丝分裂期染色体的动点．由此推论, CENP-E 通过Nuf2的直接作用参与构筑动点-微管界面，进而参与细胞有丝分裂纺锤体检验点信号转导通路，为染色体正确分离发挥调控作用．

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文昌鱼抗金葡菌感染差减文库的构建及免疫相关基因分析

刘辉;叶湘漓LIUHui;YEXiang-Li

中国生物化学与分子生物学报. 2009, 25(08): 727-733.

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适应性免疫的起源一直是免疫学研究的关键问题.文昌鱼被认为是最接近于脊椎动物的祖先自从被发现以来一直是研究脊椎动物起源与进化机制的经典模式动物.为了在文昌鱼中寻找适应性免疫系统的分子证据，采用金黄色葡萄球菌感染文昌鱼以调查免疫的起源.应用抑制性差减杂交(SSH)技术，通过对差减文库克隆序列的测定，共获得588个表达序列标签(EST).对这些EST进行生物信息学分析和进一步功能分类，发现了一些免疫上调基因，如免疫调控基因、凋亡相关基因、细胞黏附相关基因、转录相关基因、信号传导相关基因等，以及一些非免疫相关基因；这些基因在文昌鱼中绝大多数为首次报道.金黄色葡萄球菌差减文库的成功构建，为调查文昌鱼抗细菌感染的分子事件提供了重要线索，对于这些新发现基因的进一步研究将有助于深入了解免疫系统起源与进化的机制.

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核蛋白MARVELD1与核质转运受体蛋白Importin β1相互作用的鉴定

王山;肖晟，赫杰;韩放;李钰

中国生物化学与分子生物学报. 2009, 25(08): 735-739.

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核蛋白MARVELD1（MARVEL domain containing 1）是一个在多种肿瘤中表达下调的肿瘤相关基因. 为寻找其相互作用分子，构建pGEX-4T-2/MARVELD1重组体并在大肠杆菌中成功表达GST-MARVELD1融合蛋白. 采用GST pull-down 结合LC-MS/MS（液相色谱-串联质谱）的方法对MARVELD1蛋白的相互作用分子进行筛选，发现了16个与MARVELD1相互结合的蛋白. 进一步的免疫共沉淀实验证实, MARVELD1与核质转运受体蛋白importin β1能够相互作用，说明MARVELD1可能参与了importin β1的部分生物学作用, 或是它通过与importin β1结合而进入细胞核. 研究结果为进一步分析MARVELD1和importin β1的生物学功能奠定了基础.

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食源性肥胖大鼠下丘脑差异表达蛋白的蛋白质组学分析

王启明;田德润;魏中南;蔡滢;王飞;韩济生

中国生物化学与分子生物学报. 2009, 25(08): 740-746.

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建立食源性肥胖大鼠模型，对正常大鼠和肥胖大鼠下丘脑全蛋白进行双向凝胶电泳，产生下丘脑蛋白双向凝胶电泳图谱.对图谱进行比对分析后，从凝胶上切取差异表达的蛋白点，经胶内酶解，通过基质辅助激光解吸/电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS) 对酶解后的肽段进行分析，再经数据库（NCBInr）检索，对蛋白质进行鉴定.研究发现，正常组表达图谱可检测到1　160±15（n=5）个蛋白点，肥胖组表达图谱可检测到1　070±10 （n=5）个蛋白点，与对照组相比，匹配率大于80％.并且成功鉴定了17种差异表达蛋白质，其中有7 种在肥胖组表达上调，10种表达下调.它们分别属于代谢酶、细胞周期调控因子、抗氧化蛋白、信号传导蛋白、蛋白酶体相关蛋白、细胞骨架蛋白以及未知蛋白等. 与正常对照组相比，肥胖组的蛋白质表达存在着较大差异，通过对差异表达蛋白的分析，提示了在肥胖发生的过程中，下丘脑神经中枢经历了一个非常复杂的信号活动和特定改变，为深入认识肥胖的发病机制奠定了基础.

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家族性肾阳虚的基因功能富集分析

刘明，丁维俊，蔡欣，张天娥;李炜弘;王米渠

中国生物化学与分子生物学报. 2009, 25(08): 747-752.

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在临床调查中筛选出一个典型肾阳虚证家系，选取典型肾阳虚证患者3例及家系内正常人3例进行表达谱芯片试验．芯片分析结果显示,肾阳虚证者表达上调基因106条，下调基因16条．通过基因功能分类及深入的基因功能富集分析发现,肾阳虚证与GnRH信号通路及氧化磷酸化密切相关（P≤005），从而为肾阳虚证本质的研究提供了新的思路，但具体的机制有待深入研究．

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H^₂O₂诱导的2BS早老细胞中自噬体增多

谢步善，韩秀丽，陈丽婷，何维清，白俊海，毛泽斌

中国生物化学与分子生物学报. 2009, 25(08): 753-758.

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自噬在细胞复制性衰老中起着重要的作用.然而,早老细胞中的自噬现象基本无相关的报道.本文通过外源性过氧化氢(H₂O₂)的诱导，构建人胚肺二倍体成纤维细胞（2BS细胞）早老模型.首先,通过SA-β-gal染色，验证细胞早老；从形态学和特异标志分子及雷帕霉素作用的靶位点(mTOR)信号通路不同角度检测自噬的变化，其中形态学检测包括丹（磺）酰戊二胺(MDC)自噬分子定量法及电镜自噬超微结构的观察；特异标志分子LC3的检测包括GFP-LC3自噬定位法和免疫印迹法检测LC3；及检测mTOR信号通路下游激酶p70S6蛋白的表达变化.结果表明，过氧化氢诱导的早老细胞中自噬体相对年轻细胞明显增多，且具有保护早老细胞的作用.

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快速直视筛选结缔组织生长因子特异RNA干扰序列

梁睿;康权;罗庆;赵利华;金先庆;

中国生物化学与分子生物学报. 2009, 25(08): 759-763.

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利用一种快速简便经济直接的筛选特异RNA干扰序列的方法，筛选结缔组织生长因子（CTGF）基因特异RNA干扰序列.设计合成分别含EcoRⅠ和HindⅢ酶切位点的引物，以pTM1-CTGF为模板PCR获得CTGF基因，定向克隆入pSOS-HUS质粒得到质粒pSOS-HUS-CTGF. 质粒pSOS-HUS-CTGF经过SfiⅠ酶切后分别与5条CTGF干扰序列和1条随机对照序列克隆获得pSOS-CTGFi1，pSOS-CTGFi2，pSOS-CTGFi3，pSOS-CTGFi4，pSOS-CTGFi5，pSOS-CTGFicontrol.质粒转入HEK293细胞中，于第1、3、5、7 d倒置荧光显微镜照相，IPP图像分析软件测定光强度值.5种CTGF特异RNA干扰载体的相对光强度分别为0.24%、41.47%、2.93%、20.40%和28.85%. 特异性序列site 1和site 3的沉默效果最好. pSOS-HUS系统采用双向启动子，通过绿色荧光蛋白下调水平来衡量干扰序列的沉默效果具有可靠直观重复性好的优点.利用该方法成功筛选了高沉默效果的CTGF特异RNA干扰序列.

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Floral-dip转化法将PEPC基因ihpRNA干扰表达载体导入甘蓝型油菜

付绍红;张汝全;牛应泽

中国生物化学与分子生物学报. 2009, 25(08): 764-769.

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根据磷酸烯醇丙酮酸羧化酶(PEPC)基因控制油菜籽中蛋白质与脂肪酸合成的原理，构建了PEPC基因片段ihpRNA干扰表达载体，该载体包含了一个PEPC基因片段正反向序列的回文结构．表达RNA干扰的载体结构（ihpRNA），在大肠杆菌体内进行克隆的过程中易被大肠杆菌自身携带的某种酶剪切，剪切位点不确定,可能是一种随机性的剪切．通过反复实验，最终获得了一个与我们设计一致的PEPC基因片段正反向序列结构， RNA干扰表达载体构建获得成功．利用花序浸渍法(floral-dip)转基因将构建的PEPC基因ihpRNA干扰表达载体转移到甘蓝型油菜中，并通过抗性筛选、PCR特异扩增、PCR-Southern杂交和克隆测序，对获得的转基因植株进行了鉴定，转化率达到了069%，说明floral-dip方法有效地实现了ihpRNA干扰表达载体的遗传转化

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基于总体最小二乘法的蛋白质肽链逆运动学拟合

张红亮，李立ZHANGHong-Liang

中国生物化学与分子生物学报. 2009, 25(08): 770-775.

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提出一种在给定构象下计算蛋白质多肽链中所有二面角的新方法.通过总体最小二乘法将每
个肽单位中的6个原子拟合为1个肽平面，将连续平面之间包含的角定义为二面角，并以数值实验证明了该方法的有效性.精确的二面角值对很多蛋白质分析方法意义重大，特别是将二面角作为基本结构参数的同源建模法.

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链孢囊菌属3种分子分类方法的对比

张利平;石楠;张晓;吕志堂;杨润蕾;张秀敏

中国生物化学与分子生物学报. 2009, 25(08): 776-782.

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链孢囊菌属（Streptosporangium）是链孢囊菌科（Streptosporangiaceae）的模式属，包含13个种．种的鉴别通常是多相分类方法，其中尤以DNA同源性分析为国际公认的定种标准；全基因组杂交同源性在70%以下的为不同种．但在进行大量菌株的比对时操作比较复杂．本实验以链孢囊菌属15株标准菌株为实验菌株，选择适宜引物，对其基因组DNA的16S-23S rDNA 间隔区序列（ITS）和REP序列进行了扩增，分别获得了两种基因指纹图谱，并通过UPGMA聚类法构建了相应的进化距离树图．结果表明，对于链孢囊菌属中不同种的区分，两种基因图谱技术的分辨力相当，且两种方法呈现的菌株间同源性与DNA-DNA杂交的结果吻合，有望为链孢囊菌属分类学的研究提供简单、准确、快速的标准程序．

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