中国生物化学与分子生物学报

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李毅斌蔡军伟刘靖华

中国生物化学与分子生物学报. 2012, 28(11): 977-983.

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RelA/p65是NF-κB的一个亚单位，其翻译后修饰能够精细地调控NF-κB的转录激活，并在炎症反应及炎症反应相关疾病的发生和发展过程中发挥重要的作用. RelA的翻译后修饰主要包括磷酸化、乙酰化、甲基化以及泛素化等.这些翻译后修饰不仅能在生理和病理的条件下有效地调控NF-κB的转录激活，彼此之间还存在着复杂的相互作用，一种翻译后修饰可以使另一种修饰增强或是抑制，从而综合而完善地调控NFκB的转录活性.本文就近年来RelA的翻译后修饰及这些修饰之间的相互作用对NF-κB信号通路影响的最新研究进展进行综述.

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ERS和microRNA间的相互作用与肿瘤

贾小婷贺智敏

中国生物化学与分子生物学报. 2012, 28(11): 984-988.

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内质网是细胞蛋白质翻译后修饰和折叠的重要场所. 多种外界因素诸如热激、病毒感染和低氧等均可导致内质网功能受损，表现为细胞中未折叠或者发生错误折叠的蛋白质在内质网腔内大量聚集，这种聚集将会引发细胞产生应激反应，称为内质网应激. MicroRNAs 是一类内源性非编码 RNAs，通过调控基因的表达来发挥重要的功能. 越来越多的研究表明，内质网应激和microRNAs之间通过相互作用参与诸多重要的生理过程. 本文综述了内质网应激和microRNAs两者的相互作用与肿瘤发生发展的关系，以期对肿瘤发生发展的过程调控机制有更为深入的理解，为发展新的肿瘤治疗方案提供思路.

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右旋糖酐-α-1,6键水解酶的家族、结构及其应用

焦豫良

中国生物化学与分子生物学报. 2012, 28(11): 989-995.

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右旋糖酐（dextran）水解酶种类繁多，其中右旋糖酐-α-1,6键水解酶（D-α-1,6 H）是主要的水解酶类.该类酶包括右旋糖酐酶（EC 3.2.1.11）、葡萄糖右旋糖酐酶（EC 3.2.1.70）、异麦芽糖右旋糖酐酶（EC 3.2.1.94）等，分属不同糖苷水解酶家族.D-α-1,6 H的结构和催化方式多样，分类和进化关系复杂，是糖苷水解酶催化机制研究和酶蛋白分子进化研究的好材料.D-α-1,6H及该类酶的催化产物在工业和医学中均有重要而广泛的应用.近年来对D-α-1,6H的理论和应用研究逐渐增加，但仍缺乏深入的系统性研究.本文对D-α-1,6H的家族、结构和功能进行分析，并对其在工业和医学中的最新应用研究作以总结.

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HnRNP A/B蛋白D亚群的生物学功能

薛传静陈维春刘新光

中国生物化学与分子生物学报. 2012, 28(11): 996-1004.

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核不均一核糖核蛋白（heterogeneous nuclear ribonucleoproteins, hnRNPs）是一类结合DNA和RNA的核蛋白，并能在核质间穿梭. A/B型hnRNPs（heterogeneous nuclear ribonucleoproteins，hnRNP A/B）是hnRNPs中研究最为清楚的一大类别，生物信息学分析hnRNP A/B可以区分成A和D两个亚群，已鉴定的D亚群主要成员包括hnRNP AB, D和DL. hnRNP A/B的D亚群均含有2个保守的RNA结合结构域（RNA binding domain, RBD）和1个Gly富集区（glycine-rich domain, GRD），成员间的主要区别在于N端和C端的长度和序列不同. D亚群与pre-mRNA和其它蛋白质结合成微粒系统，参与pre-mRNA的加工、稳定、核输出以及翻译过程. 此外,D亚群也能结合单链和双链DNA，参与转录起始和端粒的稳定. 因此,hnRNP A/B的 D亚群在各个阶段影响基因的表达，在神经系统发育、肿瘤的发生发展及衰老过程中发挥着多样性的功能.

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诱导多潜能干细胞（iPSCs）：安全高效的诱导策略

黄聪蒋思文

中国生物化学与分子生物学报. 2012, 28(11): 1005-1010.

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在分化的体细胞中,导入特定的转录因子能诱导得到诱导多潜能干细胞(induced pluripotent stem cells,iPSCs).iPSCs在细胞形态、生长特性、表面标志物以及畸胎瘤形成等方面与胚胎干细胞(embryonic stem cells,ESCs)非常相似,而且跟ESCs相比, iPSCs具有避免免疫排斥和不涉及伦理问题的优势,因此iPSCs的临床应用潜力巨大.然而,iPSCs具有成瘤性，而且其诱导效率极低，此二者严重阻碍了iPSCs的临床应用.为解决这两大难题，本综述将主要探讨安全高效的iPS细胞诱导策略，以期为促进其临床应用提供借鉴.

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ASPP2过表达可增强DRAM介导的自噬对HepG2细胞的促调亡作用

刘凯殷继明丁渭张超乔录新刘道洁石英李莉徐斌李宁陈德喜

中国生物化学与分子生物学报. 2012, 28(11): 1011-1017.

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p53凋亡刺激蛋白2（apoptosis stimulating protein 2 of p53, ASPP2）能特异性地与p53蛋白结合并增强其促凋亡功能，进而发挥抗肿瘤作用.最近文献提示，自噬对肿瘤发生、发展及肿瘤细胞对抗肿瘤药物的反应都具有重要作用.在本研究中，甲基磺酸(MMS)处理HepG2细胞24 h后，用calcein AM/PI和M30染色检测细胞凋亡，可引起早期（M30免疫组化阳性）和晚期细胞凋亡（PI染色阳性）. 给HepG2细胞转染GFP-LC3质粒后,发现MMS处理24 h可引起自噬的发生. ASPP2腺病毒（rAd-ASPP2）感染HepG2细胞引起ASPP2过表达后，再用MMS处理24 h，能引起更明显的早期、晚期细胞凋亡和自噬. 荧光定量PCR检测发现，rAd-ASPP2诱导了更高的BCL-2相关X蛋白基因（BAX）和p53蛋白的目的基因p53诱导的自噬调节蛋白（p53-induced modulator of autophagy，DRAM）的表达. 但仅用rAd-ASPP2处理HepG2细胞不能引起自噬和凋亡.利用2条DRAM特异性的siRNA下调DRAM的表达，发现rAd-ASPP2引起的自噬被完全抑制, 早期和晚期凋亡均部分被抑制，同时BAX 的mRNA水平也明显下降. 以上结果说明，ASPP2可通过上调BAX和DRAM基因的转录而促进MMS引起的HepG2细胞凋亡; 另外，DRAM介导的自噬是ASPP2促进MMS引起的肿瘤细胞凋亡的机制之一. 该研究可为肝癌的基因治疗提供新的思路.

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G6PD缺陷抑制人黑色素瘤细胞裸鼠移植瘤的生长

胡滔,陈龙, 张春华唐琼玲李波，张正，蔡天池，朱月春

中国生物化学与分子生物学报. 2012, 28(11): 1018-1025.

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敲减葡糖6-磷酸脱氢酶(G6PD)表达的人黑色素瘤A375细胞(A375-G6PDΔ) 呈现生长增殖抑制和凋亡率升高. 为明确G6PD缺陷对裸鼠体内成瘤的影响及其可能机制，用A375-WT与A375-G6PDΔ细胞制作裸鼠荷瘤模型，观察体内瘤体生长，real-time PCR、免疫组织化学染色与紫外分光光度法分别检测瘤体组织G6PD mRNA、G6PD蛋白及酶活性，Western 印迹分析凋亡相关蛋白，分光光度法测定NADPH和GSH/GSSG水平. 结果显示,A375-G6PDΔ细胞注射组的裸鼠成瘤时间延长，瘤体生长明显减慢，瘤体的体积与质量显著低于A375WT细胞注射组（P <0.01）；与A375-WT细胞注射组相比，A375G6PDΔ细胞注射组的裸鼠瘤体组织中G6PD mRNA表达、G6PD阳性细胞数与G6PD活性分别降低了87.10%、77.20%与75.77%（P<0.01），G6PD、p53和Bcl-2的表达分别降低了67.92%、65.54%和62.32%（P<0.01），Fas升高了86.38%（P<0.01），NADPH和GSH/GSSG分别降低了74.37%和86.02%（P<0.01）. 结果提示，G6PD缺陷可能通过减少核酸等合成的原料、改变细胞内氧化还原状态及凋亡相关蛋白表达抑制裸鼠瘤体生长与增殖，这为黑色素瘤发生和治疗研究提供了新的线索.

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NIRF在体内外可明显抑制乙型肝炎病毒抗原的表达

胡斌周丹琳宣艳艳段昌柱

中国生物化学与分子生物学报. 2012, 28(11): 1026-1032.

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随着对NIRF（Np95/ICBP-90 like RING finger protein）研究的深入，其功能已涉及细胞癌变进程以及表观遗传学等领域. 近期研究显示,NIRF能与HBc (hepatitis B virus core protein )相互结合，但其对乙型肝炎病毒(HBV)抗原表达的影响尚不明确. 本文通过转染pAAV-HBV1.3质粒和高压水动力法尾静脉注射BALB/C小鼠，建立乙型肝炎病毒的细胞和动物模型，研究NIRF对乙型肝炎病毒抗原表达的影响. ELISA检测细胞上清和小鼠血清中HBsAg、HBeAg的分泌和表达情况，Western 印迹或免疫组化染色技术检测HBcAg. 结果显示，乙型肝炎病毒抗原分泌的细胞以及小动物模型建立成功，并且无论在体内外，NIRF都能对它们的表达起抑制作用，期待能为后续的HBV致病机理以及治疗药物的研究提供支持与帮助.

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水稻种子发育期间特异锌指蛋白基因的筛选与分析

周淑芬刘华清徐桂磊颜静宛王锋

中国生物化学与分子生物学报. 2012, 28(11): 1033-1039.

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.锌指蛋白基因是植物基因组中最大最复杂的基因家族之一.大部分的锌指模体存在于转录因子中，它们在转录水平上参与植物生长发育及植物对生物和非生物胁迫的反应.为了解锌指蛋白基因在水稻种子发育中的作用，本研究通过多种数据库搜索获得了878个水稻锌指蛋白基因.从中选取311个利用RT-PCR技术分析它们在水稻成熟期根、茎、叶、花及不同发育阶段种子中的表达特征.结果发现,共有196个基因能在至少1个水稻器官中表达，其中10个为种子特异性表达基因.进一步分析发现,10个特异表达基因在水稻种子不同发育阶段中的表达具有种子阶段表达特异性.同时分析它们的基因及蛋白结构特点，结果显示它们的结构较简单，其中3个蛋白含有线粒体靶肽,5个蛋白含有CCCH锌指结构域.另外，分析种子特异性表达基因上游调控区的顺式作用元件，结果表明它们都含有TATA-box、CAAT-box和种子特异调控元件，除此之外还发现了光、激素和胁迫反应相关调控元件.这些结果为进一步研究它们在种子发育过程中的生物学功能提供了有用的线索.

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固始鸡1日龄和36周龄下丘脑高丰度差异性MiRNA的鉴定及功能预测分析

李国喜孙桂荣王乐乐韩瑞丽康相涛

中国生物化学与分子生物学报. 2012, 28(11): 1040-1048.

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为鉴定鸡下丘脑发育相关特异性表达miRNA，基于固始鸡1日龄和36周龄下丘脑小RNA的Solexa测序数据，共鉴定到266种2个发育阶段共表达的miRNA，其中157种miRNA的表达水平被显著下调，22种被显著上调.聚类分析显示，鸡下丘脑高丰度差异性miRNA主要集中于let-7、mir-181、mir-30、mir-99、mir-1和mir-17等基因家族.另外，预测了10种高丰度差异性miRNA的靶基因，并进行了相应的GO分析和KEGG通路分析.结果显示，预测靶基因在发育过程、代谢过程、细胞过程和生物学过程调节等4个生物学过程以及细胞周期、粘着斑、TGF-beta信号通路和MAPK信号通路等通路中显著富集.研究结果为进一步揭示miRNA调控鸡下丘脑发育的分子机制提供了有益线索.

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青海高原春小麦PEG胁迫与复水后叶片差异蛋白质组学研究

叶景秀

中国生物化学与分子生物学报. 2012, 28(11): 1049-1056.

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春小麦是青海省的主要粮食作物，青海高原干旱频繁且严重，尤以春旱为首，对小麦生长发育造成严重影响．为了从蛋白质组学水平分析小麦对干旱胁迫的应答特征，探讨小麦可能的抗旱机制，本研究对青海主栽春小麦品种青春38幼苗进行聚乙二醇 (polyethylene glycol，PEG) 6000胁迫和复水处理，采用IEF/SDSPAGE双向凝胶电泳技术，对PEG胁迫和复水处理的小麦叶片总蛋白质分别与正常浇水的对照进行差异蛋白质组学研究，经考马斯亮蓝G250染色获得清晰度和重复性较好的双向电泳图谱．PD Quest软件处理分析各对照和处理图谱，在等电点4.0～7.0线性范围内，均可识别650个以上清晰蛋白质点，获得比较明显的差异表达蛋白点43个，其中8个蛋白点重复.从35个差异蛋白点中选取24个差异点进行MALDI-TOF-TOF-MS肽质量指纹图谱分析，应用Mascot软件在NCBInr数据库中搜索鉴定蛋白质，得到22个阳性结果．对鉴定得到的差异表达蛋白进行功能分析，它们分别参与了光合作用、蛋白质合成、能量代谢途径、细胞防御、氧化还原、运输、信号转导等过程，而且根据差异表达蛋白功能分类所占比例，发现干旱胁迫与光合作用关系最为紧密.

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一种适用于双向电泳的水稻磷酸化蛋白富集方法——酚提取法结合固相金属离子亲和层析法

邓湘雄，张晓勤，胡江，徐祥彬，郭龙彪，陈慧男，应奇才，王慧中，薛大伟

中国生物化学与分子生物学报. 2012, 28(11): 1057-1063.

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磷蛋白在植物信号传导和胁迫响应中有着非常重要的作用，磷蛋白质组学研究已经成为蛋白质组学研究领域中备受瞩目的一个部分．本研究用酚提取法以水稻日本晴苗期叶片为材料提取叶片总蛋白，提取率达3.5%；用固相金属离子亲和层析柱纯化富集磷蛋白，得到磷蛋白占总蛋白约6.4%．对过柱洗涤液、不同阶段洗脱液等各个组分进行SDS-PAGE,粗略检测其蛋白含量，并根据单向SDSPAGE结果对总蛋白、高峰段磷蛋白、非高峰段磷蛋白以及富集后再纯化的总磷蛋白进行双向电泳，比较其中的蛋白差异．本研究提出的方法和程序可在7 cm聚丙烯酰胺凝胶上检测到多达856个磷蛋白，是一种非常有效的磷蛋白富集、纯化和分离鉴定的方法．

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标准品制备方法对FQ-PCR定量基因表达水平的影响

陈军，李慧玲，董建一，王福金，王爱国，王靖宇

中国生物化学与分子生物学报. 2012, 28(11): 1064-1068.

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实时荧光定量PCR (FQ-PCR)标准曲线法准确定量基因表达的关键在于标准品与待检样本的扩增效率是否一致. 为检测DNA标准品与样本cDNA扩增效率的一致性，探讨定量用标准品的最佳制备方法，本研究以脂肪酸结合蛋白5(Fabp5)、过氧化物酶体增殖活化受体α (Ppar-α)及β肌动蛋白（β-Actin）的3个基因为对象，分别采用质粒纯化法、PCR产物直接纯化法、PCR产物凝胶回收法制备DNA标准品，10倍梯度稀释后用FQPCR制作标准曲线. 并以10倍梯度稀释的样本cDNA标准曲线的参数为对照，进行比较分析. 结果表明，不同方法制备的DNA标准品的扩增效率差异较大，并且与cDNA的扩增效率不一致，不能对cDNA样本进行准确定量. 另外，虽然目的基因在cDNA样本中的拷贝未知，不能对基因表达水平进行绝对定量，但因不同cDNA样本的同一基因的扩增效率一致，可对基因的表达进行准确的相对定量.

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乳腺癌转移相关基因的筛选与生物信息学分析

余海浪夏晓燕丁大鹏周珏宇郑文岭马文丽

中国生物化学与分子生物学报. 2012, 28(11): 1069-1074.

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乳腺癌是女性最常见的恶性肿瘤，转移与复发是乳腺癌患者死亡的主要原因. 研究与乳腺癌细胞转移相关的分子靶点对预防乳腺癌术后复发、提高疗效有重要意义. 本研究以3组乳腺癌转移相关的基因表达谱数据(GSE2034, GSE2603, GSE12276)为分析材料，采用GeneSpring软件筛选乳腺癌原发瘤与转移瘤芯片数据的差异表达基因，结合生物信息学工具PATHER、STRING、pSTIING和文献挖掘工具iHOP对差异基因及其相互作用关系进行分析. 结果显示，共筛选出乳腺癌转移共同差异基因147个，其中表达上调93个，表达下调54个. 这些差异基因主要涉及细胞周期与增殖、细胞粘附、细胞迁移、血管形成及信号转导等生物通路和生物过程. 差异基因编码蛋白间的相互作用主要集中在14个蛋白，且在更为复杂的网络图谱中仍可见其中9个基因（CXCR4、MMP1、MMP2、MMP3、CTGF、COL1A1、MEF2C、PTGS2及SPARC）在重要的节点位置. 文献挖掘发现,COL1A1基因可能为新发现的乳腺癌转移候选基因，为乳腺癌转移的发病机制提供新的思路，也为转移性乳腺癌的分子诊断和个体化治疗奠定基础.

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