14.从Cyt b基因全序列分析中国10个黄牛品种的系统进化关系

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中国生物化学与分子生物学报 ›› 2006, Vol. 22 ›› Issue (02) : 168-171.

研究简报

14.从Cyt b基因全序列分析中国10个黄牛品种的系统进化关系

蔡欣1)；陈宏1),2)*；雷初朝1)；王珊1)；张志清1)；薛恺1)；王新庄3)

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Phylogenetic Relationship of Ten Cattle Breeds in China Based on DNA Sequences of Cytochrome b Gene

CAIXin1),CHENHong1),2)*,LEIChuZhao1),WANGShan1),ZHANGZhiQing1),XUEKai1),WANGXinZhuang3)

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摘要

基于Cyt b基因全长序列，对我国10个地方黄牛品种的遗传多态性和系统发育关系进行了分析.中国黄牛Cyt b基因序列富含碱基A和T，A+T平均含量为56.7%，密码子第3位点核苷酸表现出较强的碱基组成偏倚，该位点上G的含量最低，为 3.5%，而A的含量最高，为44.6%，核苷酸组成偏差指数为0.45.在47个个体1 140 bp的序列中检测到30个变异位点，约占核苷酸总数的2.63%，密码子第3位点的突变率(76.7%)远高于第1位点(16.7%)和第2位点(6.6%)，第2位点的非同义替代率(100%)远高于第1位点(40%)和第3位点(4.3%).定义了15种单倍型.将10个品种作为一个大的种群分析时，发现中国黄牛Cyt b基因具有较高的单倍型多样性(Hd=0.783±0046)和一定程度的核苷酸多样性(Pi=0.00828±0.00030)，这与中国黄牛地理分布广、种群庞大和起源复杂有关系.基于Kimura 2parameter距离采用UPGMA法构建的10个黄牛品种分子系统树中将47个个体分别与瘤牛和普通牛聚在一起，说明中国黄牛主要起源于瘤牛和普通牛.北方牛受普通牛的影响较大，南方牛受瘤牛的影响较大，但是对于亲缘关系复杂的中原地区黄牛而言，瘤牛和普通牛对它们的影响力大小因品种而异，因而它们分别和北方牛和南方牛之间的亲缘关系远近程度也存在差异.不同品种之间的亲缘关系差异可能与它们的地理分布差异具有一定的关系.

关键词

黄牛 / Cytb基因 / 遗传多态性 / 系统进化

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蔡欣；陈宏;；雷初朝；王珊；张志清；薛恺；王新庄. 14.从Cyt b基因全序列分析中国10个黄牛品种的系统进化关系[J]. 中国生物化学与分子生物学报, 2006, 22(02): 168-171

CAIXin;CHENHong,;LEIChuZhao;WANGShan;ZHANGZhiQing;XUEKai;WANGXinZhuang. Phylogenetic Relationship of Ten Cattle Breeds in China Based on DNA Sequences of Cytochrome b Gene[J]. Chinese Journal of Biochemistry and Molecular Biology, 2006, 22(02): 168-171

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收稿日期	修回日期	出版日期
2005-04-21	1900-01-01	2006-02-20
发布日期
2006-02-20

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