中国生物化学与分子生物学报

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李玲徐小洁叶棋浓

中国生物化学与分子生物学报. 2013, 29(11): 995-1001.

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自噬是广泛存在于真核细胞内的一种细胞分解自身构成成分的生命现象.细胞内的双层膜结构与溶酶体结合后其内包裹的受损、变形或衰老细胞器蛋白质等被水解酶类降解.细胞自噬具有多种生理功能，生命体借此维持蛋白质代谢平衡及细胞环境稳定，这一过程在细胞清除废物、结构重建、生长发育调节中发挥重要作用. 细胞自噬也与肿瘤的存活和死亡等过程密切相关. 近年来对细胞自噬的研究有了较大的深入，本文主要对自噬体的形态和发生过程及其分子机制、信号调节通路、自噬研究的检测方法，以及自噬与细胞凋亡和肿瘤发生的关系等方面进行概述，以期较全面地了解细胞自噬作用和最新研究动态.

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MiR-302/367在体细胞向多能性干细胞重编程中的研究

朱海鲸, 唐芙蓉 ,华进联

中国生物化学与分子生物学报. 2013, 29(11): 1002-1009.

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MicroRNA-302/367(miR-302/367)发现于2003年,是一类长度在21～22 nt的miRNA簇,与多能性干细胞自我更新及多向分化有重要关系.在体细胞向多能性干细胞重编程中具有重要作用. miR-302/367簇中各miRNA具有相对保守的种子区及靶基因,主要通过抑制靶基因蛋白质的翻译，从而促进间质-上皮转化（mesenchymalepithelial transition, MET）、抑制细胞周期、调控细胞分化相关基因及表观遗传水平等方式促进体细胞向多能性细胞重编程.本文对miR302/367的发现、结构、miR302/367在多能性细胞中的作用及在体细胞向多能性干细胞重编程中的作用及其机理等做一综述.

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第四届全国“跨学科蛋白质研究”学术讨论会在合肥召开

中国生物化学与分子生物学报. 2013, 29(11): 1009.

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       由中国生物化学与分子生物学会蛋白质专业委员会主办、中国科学技术大学与安徽大学承办的第四届全国“跨学科蛋白质研究”学术讨论会于2013年10月12~14日在安徽省合肥市稻香楼宾馆成功召开。会议的主题是"蛋白质与人类健康"，来自全国40多家单位共计约600位代表与会。

       开幕式和闭幕式由蛋白质专业委员会以及会议秘书长李根喜教授主持，中国生物化学与分子生物学会理事长王志新院士、承办单位领导中国科学技术大学副校长朱长飞教授、蛋白质专业委员会前任主任王志珍院士和现任主任昌增益教授先后致词。王志珍院士总结了蛋白质专业委员会自2005年成立8年以来的发展历程。她指出蛋白质专业委员会旨在促进来自“五湖四海”、各种学科的蛋白质科学家之间的交流和合作，使我们能从“跟踪”到“引领”国际学术前沿。她强调科学面前人人平等，科学家要崇尚科学真理，远离“急功近利”和“浮躁”，要“安、钻、迷”地潜心做学问和教学，坚守学术道德，遵从学术界准则，拒绝潜规则，与腐败作坚决斗争，建设中国科技界的清风正气。同时她也强调对研究生和年轻学者培养和锻炼的高度责任心，热情地以高度社会责任感参与对社会和中学生的义务科普工作。她也提倡科学与艺术相结合，成为有文化有品位的学者。

       此次会议得到了蛋白质科学相关领域众多同仁的倾力支持和热烈响应，阵容空前，水平也空前。在两天半的学术交流中，美国科学院院士王晓东、牛立文教授、国际蛋白质学会2013年青年科学家奖获得者邵峰研究员、美国科学院外籍院士施一公、中国科学院院士施蕴渝、饶毅教授、中国科学院院士隋森芳（按姓氏笔画排列）七位学者为会议做了高水平的大会报告，来自23家单位的33位学者做了精彩的邀请报告，其中不乏新人新面孔。此外，上海生科院李林院士、吴家睿研究员专门来主持讨论会。         组委会还从提交摘要的学者中遴选了15位口头报告人，并且为让青年学生展示才华，会议特设三场研究生报告。

        闭幕式上，安徽大学副校长牛立文教授致辞，会议组委会主席特别感谢了负责组织这次会议的中国科技大学生命科学学院书记兼副院长滕脉坤教授、臧建业教授;同时为参会的研究生颁发了口头报告和墙报优秀奖。每个会场评选出了“最佳学生报告奖”，从展示了墙报的学生中评选出“优秀海报奖”。         作为国内蛋白质科学学科领域最高学术水平的学术会议，此次会议集中展示了自2011年5月在上海大学召开第三届全国学术会议（暨亚太地区蛋白质学会第三届学术会议）以来我国蛋白质科学研究的新成果、新成就，并且为活跃在本领域的中青年学者提供了难得的学术交流的平台。

        举办科普活动应该是学术团体的重要工作之一。10月14日下午几位学者在合肥一中由王志珍主持举行了科普报告：施一公谈论“生命的星球”，昌增益介绍了“神奇的蛋白质分子：生命活动的直接执行者”，董宇辉讲了“神奇的启动光源——同步辐射”的故事，学生们提出了许多问题并和演讲者展开讨论，气氛热烈。

       10月11日晚，中国生物化学与分子生物学学会蛋白质专业委员会举行了二届三次会议，与会的30多位委员对中国蛋白质科学的现状与未来发展进行了热烈讨论，并且就争取2017年国际蛋白质学会的学术会议在中国召开、积极参与2014年5月17~19日在韩国济州岛召开的亚太地区蛋白质学会（APPA）第四次学术会议、向国际学术组织推荐执委人选、第五届全国跨学科蛋白质研讨会的承办单位等多项具体事宜进行了详细讨论。大家认为，蛋白质专业委员会应该为中国蛋白质科学的发展发挥更加积极的作用，为中国科学家走向国际舞台前沿创造更多条件，提供更多机会。

                                                                                           中国生物化学与分子生物学会蛋白质专业委员会供稿

                                                                                                               2013.10.23

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时钟节律与细胞周期

徐飞鸿毕海连伍会健

中国生物化学与分子生物学报. 2013, 29(11): 1010-1016.

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昼夜节律和细胞周期是生命有机体中两种主要的节律性、周期性的活动，参与机体代谢与生理节律．在分子水平上，它们的周期性活动是由一种周期性振荡的网络构成的，这种网络由一系列节律性表达的蛋白所形成．研究发现，多种节律因子通过调节周期蛋白的表达影响细胞周期进程，如G ₁-S期，REV-ERBa抑制p21促进细胞进程，RORα激活p21抑制细胞进程，DEC1抑制cyclinD1，CLOCK/BMAL1负调控c-Myc;G ₂-M期，BMAL1/CLOCK、BMAL1/NPAS2或Cry1作用于Wee1抑制或激活G_2-M期进程．此外，昼夜节律钟蛋白也参与了DNA损伤修复及细胞死亡的过程：Per1、Tim分别作用于ATM、ATR，因而促进细胞周期停滞，p53缺失的细胞中敲除Cry促进细胞凋亡过程，抑制了肿瘤的形成，DEC1以p53依赖的方式促细胞衰老等．同时,节律因子的紊乱引起多种疾病的产生．因此，阐明昼夜节律对细胞周期及死亡的影响，将为肿瘤的治疗提供分子理论基础．

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生命系统中分子间的对应关系

孙世中1）*,刘刚2）, 官会林1）

中国生物化学与分子生物学报. 2013, 29(11): 1017-1023.

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生命系统与非生命系统的差别是认识生命本质的一个重要问题.本文提出了对应关系的概念及总的对应式，认为对应关系是生命系统分子间的基本关系，决定了生命系统的主要性质，是生命系统与非生命系统的重要差别. 对应关系按照分子集合的数量可分为简单对应关系和复杂对应关系. 按照功能的不同可分为对应转换、对应催化、对应转运、对应转导、对应免疫等多种对应关系. 对应关系通过功能上的相互作用还形成了相互协作的具有调控作用的对应关系网络.本文重点介绍了前4种基本的对应关系及相应的对应式，并就对应关系的形成与蛋白质多样性的关系、对生命系统的意义及存在的其它问题进行了初步的讨论.

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微小RNA-129在肿瘤发生中的作用机制

罗琳郭俊明

中国生物化学与分子生物学报. 2013, 29(11): 1024-1028.

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微小RNA-129（microRNA-129, miR-129）是一种能产生miR-129-5p、miR-129-1-3p和miR-129-2-3p等3种成熟产物的miRNA，它们在细胞生长、发育、癌变等生命过程中有重要作用. miR-129在多种常见肿瘤中呈现高表达（如：胃癌和肺癌）或低表达（如：乳腺癌和食管鳞状细胞癌）的多样现象，而且这种异常表达与肿瘤的发生发展有密切联系. miR-129通过作用于性别决定区Y框蛋白4（sex-determining-region Y-box 4, SOX4）、细胞周期蛋白依赖激酶6（cyclin-dependent kinase 6, Cdk6）、含缬酪肽蛋白（valosin containing protein, VCP）和磷脂酰肌醇蛋白聚糖-3（glypican-3, GP3）等多种靶基因而在肿瘤发生、发展过程中起着重要作用.

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lncRNA与miRNA相互调控作用及其与肿瘤的关系研究

涂超峰武明花李桂源

中国生物化学与分子生物学报. 2013, 29(11): 1029-1034.

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长链非编码RNA (long non-coding RNA，lncRNA)是一类转录本长度大于200 bp的非编码RNA，可作为人类基因组中一类重要的调控分子通过多种方式发挥其生物学功能.近年来的研究表明，lncRNA也可以作为一种竞争性内源性RNA (competing endogenous RNA, ceRNA) 与miRNA相互作用，参与靶基因的表达调控，并在肿瘤的发生发展中发挥重要的作用.本综述在简要介绍lncRNA功能研究现状和主要研究方法的基础上，进一步分析了lncRNA与miRNA之间的互相调控关系及其在肿瘤发生发展中的作用，以便为后续的研究提供新的思路.

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基因谱系示踪揭示Tbx18+祖细胞的多分化潜能

查承沁杜建霖翁敏杰高凌志汪浩佘强

中国生物化学与分子生物学报. 2013, 29(11): 1035-1040.

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为探讨Tbx18+祖细胞在小鼠生长发育过程中的多分化潜能及分化的组织类型，本工作建立了Tbx18：Cre/Rosa26RLacZ谱系示踪小鼠.该示踪小鼠基于Cre/LoxP系统，能够准确及有效地示踪Tbx18+祖细胞的分化命运，通过整体胚胎及组织X-gal染色，检测分析报告基因LacZ在其中的表达情况.结果显示，在Tbx18：Cre/Rosa26RLacZ双杂合小鼠胚胎发育早期，报告基因LacZ主要在脊柱、四肢及心外膜表达|而在胚胎发育晚期则分别表达于皮肤、毛囊、肾脏、输尿管、膀胱、睾丸、输精管、椎间盘、肋软骨、心耳、心肌、冠状动脉.结果阐明，Tbx18+祖细胞在小鼠生长发育过程中具有强大的多器官及组织分化潜能，包括分化形成表皮系统，泌尿生殖系统，骨骼系统，心血管系统，并在其生长发育中发挥重要作用.

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Nucleostemin siRNA对肝癌细胞HepG2增殖的影响

袁富文程倩童坦君

中国生物化学与分子生物学报. 2013, 29(11): 1041-1047.

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Nucleostemin(NS)作为核仁蛋白,在神经干细胞、胚胎干细胞以及某些肿瘤细胞中均高表达，在多种肿瘤细胞增殖和凋亡调控中具有重要作用.本文通过瞬时转染NS siRNA降低NS的表达，以探究NS对HepG2细胞增殖和凋亡的影响.结果显示,下调NS表达使HepG2细胞增殖加快,G₁期细胞减少,S期及G₂/M期细胞增加,凋亡减少. 激光共聚焦实验表明，NS与S期激酶相关蛋白2 (S-phase kinaseassociated protein 2,Skp2)在HepG2细胞中存在共定位现象; Co-IP实验证明，NS与Skp2能相互作用|NS下调后，Skp2出核仁的数量增加，p27和p53表达降低. 总之,下调NS可促进HepG2细胞中Skp2从核仁逸出，p27降解增强，同时p53表达下降，或由此促进HepG2细胞增殖，抑制其凋亡.

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LRP16结合poly(ADP-ribose)关键位点的识别

柏苗苗王春萌伍志强梅倩李小雷李祥赵亚力韩为东

中国生物化学与分子生物学报. 2013, 29(11): 1048-1053.

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LRP16作为macro domain 家族成员，可识别、结合poly(ADP-ribose)，参与DNA损伤修复的早期反应. 但究竟LRP16通过其何种氨基酸位点识别、结合poly(ADPribose)（PAR）尚不十分清楚．本研究首先通过对LRP16蛋白的结构分析，查找LRP16结合PAR的候选氨基酸位点，然后利用丙氨酸扫描技术构建系列LRP16（点）突变体, 并且进行原核蛋白表达与纯化，将获得的蛋白质进行斑点杂交实验，检测LRP16突变体蛋白与PAR的结合活性.测序结果显示，LRP16点突变基因序列成功插入到原核表达载体pGEX-6p-1中|斑点杂交实验显示，LRP16中第160位D和第161位I突变成A后，其与PAR结合能力明显减弱，而第181位G、183位V、184位D同时突变为A，LRP16与PAR的结合活性有部分减弱. 结果表明，LRP16中第160位和第161位的氨基酸是其与PAR结合的关键位点.

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蛋白质组学方法分析多T迷宫训练后的小鼠空间记忆蛋白

郑君芳陈慧敏宋然胡家沙莎贺俊崎

中国生物化学与分子生物学报. 2013, 29(11): 1054-1060.

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应用双向凝胶电泳结合质谱鉴定和数据库检索，分析比较C57BL/6J小鼠在多T迷宫(MTM)训练和记忆测试组与未训练组海马蛋白表达的差异，探讨与MTM空间记忆相关的蛋白质.C57BL/6J小鼠经MTM训练后，可对相应的空间线索保持记忆能力，其海马蛋白质表达存在明显差异,14个蛋白质与MTM空间记忆形成显著相关.其中，6个蛋白点表达显著上调，8个蛋白点表达水平显著降低.这些蛋白按功能可分为6类: 细胞骨架相关蛋白,物质运输相关蛋白，蛋白合成相关蛋白，能量和物质代谢相关蛋白，信号转导相关蛋白,通道蛋白. 这些空间记忆形成相关蛋白的研究深化了对空间记忆机制的认识，为研究和治疗认知相关疾病提供了新靶标.

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SARS 冠状病毒非结构蛋白质NSP3突变体构建及其对类泛素分子DUB活性

杨星星邢雅玲陈晓娟陈忠斌

中国生物化学与分子生物学报. 2013, 29(11): 1061-1069.

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SARS冠状病毒(SARS-CoV) 非结构蛋白NSP3编码的木瓜蛋白酶样蛋白酶(PLpro)对泛素样分子(Ubl) 具有去泛素化酶(DUB)活性，但目前有关NSP3 DUB活性研究的报道甚少. 本研究构建包含Nsp3基因 N末端不同结构域的突变体，并检测NSP3及其一系列突变体对类泛素分子ISG15和SUMO所修饰蛋白质分子的作用特性. 实验结果表明，NSP3及其突变体NSP3AD，NSP3AE，NSP3AF具有一定的去ISG15活性，而其突变体NSP3AC则没有去ISG15 (DeISGylation) 活性. 研究结果提示，SARS NSP3具有一定的体内去ISG15活性，并且这种活性主要依赖于Nsp3基因编码的PLpro. 但SARS NSP3及其突变体NSP3AC，NSP3AD，NSP3AE和NSP3AF并不具有去SUMO (DeSUMOylation) 活性. SARS冠状病毒NSP3对类泛素样分子作用特性的研究为后续NSP3的生物学特性及其对干扰素通路的调控研究奠定了基础.

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细胞间粘附分子5（ICAM-5）在HIV相关神经损伤中的保护性作用

宋凤丽袁霖丁渭乔录新徐树莹陈德喜张玉林

中国生物化学与分子生物学报. 2013, 29(11): 1070-1075.

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为探究细胞间粘附分子5 (intercellular adhesion molecule 5，ICAM-5)在HIV相关神经认知损伤中的作用,用ELISA法测定HIV感染者脑脊液样本和体外动物神经细胞培养体系中可溶性细胞间粘附分子5(ICAM-5s)的含量|蛋白印迹法检测ICAM-5蛋白表达|免疫荧光法观察神经细胞形态学变化|用CytoTox 96非放射性细胞毒性实验检测神经细胞死亡率.抗ICAM-5单克隆抗体Cy3标记的免疫荧光染色结果显示，ICAM-5可在神经元细胞的胞体和突起表达，且经HIV神经毒性蛋白gp120 500pmol/L处理的神经细胞平均突起长度显著小于无gp120处理的对照组|体外神经细胞培养体系中，gp120+基质金属蛋白酶3（MMP3）实验组的ICAM-5s含量显著高于gp120组，且前者神经元细胞的死亡率高于后者|在 HIV感染者中，HIV相关神经认知障碍（HIV associated neurocognitive disorder，HAND）患者脑脊液中ICAM5s的水平显著高于认知功能正常的患者.结果表明,ICAM-5可能具有标记神经细胞突起的潜能，但其确切性有待进一步实验验证|ICAM-5与HIV相关神经认知功能损伤相关，具有潜在的神经元细胞保护作用.

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基于[Ru(phen)2(bpip)] ²⁺-DNA相互作用的共振光散射增强建立纳克级DNA的测定方法

翁超

中国生物化学与分子生物学报. 2013, 29(11): 1076-1081.

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通过研究钌多吡啶类配合物［Ru(phen)2(bpip)］2+与DNA相互作用的共振光散射等光谱，我们发现［Ru(phen)2(bpip)］²⁺与DNA相互作用的方式包括插入作用和静电作用模式.同时基于［Ru(phen)2(bpip)］²⁺DNA体系增强的共振光散射现象，建立了一种简单、快速的测定纳克级核酸的新方法.实验结果表明体系在373 nm处共振光散射强度的增强与DNA的浓度呈线性关系.线性范围为0.025～1.250 mg/L，线性公式为△I_RLS=283.14C+2.26 (mg/L)，相关系数为0.9983，DNA的检出限为5.7 ng/mL. 应用到实际样品的分析中，结果令人满意.

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液相串联质谱法同时定量检测生物样本中鞘脂类化合物

郭守东于杨冯蕾张颖崔英杰秦树存

中国生物化学与分子生物学报. 2013, 29(11): 1082-1087.

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鞘脂类中的主要活性分子鞘氨醇1-磷酸（S1P），可通过介导细胞增殖、分化和迁移等发挥广泛的生物学功能|同时,S1P可在相关酶的作用下转变为其它形式.本文旨在建立一种简便的鞘脂类的制备方法，并结合液相串联质谱（LC-MS/MS）快速检测生物样本中纳克水平的鞘脂类化合物. 采用甲醇沉淀或经典的脂质提取方法获得鞘脂类化合物，再采用LC-MS/MS在多反应监测模式（MRM）下进行定量分析. 实验结果表明，甲醇沉淀法可简便快捷地获得血浆或脂蛋白中鞘氨醇类化合物; S1P、二氢鞘氨醇（DH-S1P）和鞘氨醇（SPH）的定量限分别为110.5、215.6和44.3 pg;人血浆中S1P、DH-S1P和SPH的含量分别为257.8±49.4 nmol/L、93.5±17.3 nmol/L和44.6± 7.4 nmol/L, 鞘脂类化合物在人血浆脂蛋白上的分布存在显著性差异|在ApoE-/-小鼠血浆中S1P、DH-S1P和SPH的含量分别为590.1±78.2 nmol/L、197.8±60.6 nmol/L和35.4±16.7 nmol/L|每1×106个人脐静脉内皮细胞（EA.hy926）中，S1P和SPH的含量分别为103.7±21.8 pg和16.3±5.3 ng.甲醇沉淀法结合LC-MS/MS可简便快捷地对血浆和脂蛋白中的鞘脂类化合物进行定量检测. 该方法特别适用于大量生物样本中鞘脂类的快速定量分析.

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人精子特异性乳酸脱氢酶结构和功能的计算生物学分析

汤莹颜水堤郑德柱张朵林宇翔兰风华

中国生物化学与分子生物学报. 2013, 29(11): 1088-1096.

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精子特异性乳酸脱氢酶（lactate dehydrogenase,LDH），又称乳酸脱氢酶C4（lactate dehydrogenase C4，LDH-C4），特异性地存在于哺乳动物发育成熟的睾丸组织中，与精子的生成、代谢、获能等有密切关系. 根据GenBank数据库中人LDH-C4氨基酸序列（P07864），利用PROSITE数据库预测人LDH-C4的功能基序|利用Clustalw2、TreeView1.6.6进行LDH-C4进化树的构建|利用I-TASSER软件预测人LDH-C4的二、三、四级结构以及功能位点. 结果表明：在190~196位有1个LDH活性位点，该位点为脊椎动物各亚型乳酸脱氢酶共有的催化位点，为进化中的1个保守序列|从进化树来看，LDHC和LDHB的亲缘关系比较近|人LDH-C4与小鼠LDH-C4的二级、三级结构具有很高的相似性|LDH-4属乳酸脱氢酶苹果酸脱氢酶（LDH-MDH）超家族中的LDH-(cd05293）家族的成员，属于NAD依赖性酶，拥有LDH-1家族具备的基本结构特点. 以上结果为研究LDH-C4基因突变对其功能的影响打下基础.

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