中国生物化学与分子生物学报

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刘伟，，朱云平，贺福初

中国生物化学与分子生物学报. 2007, 23(12): 971-976.

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高通量实验方法的发展导致大量基因组、转录组、代谢组等组学数据的出现，组学数据的整合为全面了解生物学系统提供了条件.但是,由于当前实验技术手段的限制，高通量组学数据大多存在系统偏差，数据类型和可靠程度也各不相同，这给组学数据的整合带来了困难.本文以转录组、蛋白质组和代谢组为重点，综述了近年来组学数据整合方面的研究进展，包括新的数据整合方法和分析平台.虽然现存的数据统计和网络分析的方法有助于发现不同组学数据之间的关联，但是生物学意义上的深层次的数据整合还有待于生物、数学、计算机等各种领域的全面发展.

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ChREBP和Mlx在调控葡萄糖反应基因表达中的作用

符自英，王继文,韩春春

中国生物化学与分子生物学报. 2007, 23(12): 977-980.

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近年的研究结果显示,葡萄糖能在转录水平调控糖酵解和生脂酶基因的表达，对肝糖类和脂类动态平衡起协同调控作用.其重要转录因子是糖反应元件结合蛋白（ChREBP）和Max样蛋白X(Mlx)，葡萄糖通过ChREBP.Mlx异二聚体调控葡萄糖反应基因的转录.本文主要综述转录因子ChREBP和Mlx的结构与功能，调控葡萄糖反应基因表达的机制，以及影响转录因子表达的因素.

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中期因子在肿瘤发生和组织再生中的作用

杜丽娟，韩伟

中国生物化学与分子生物学报. 2007, 23(12): 981-987.

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中期因子(midkine,MK）是一种肝素结合性生长因子.在胚胎期，MK在组织中广泛分布.在成人体内其表达降低，仅局限于某些特定部位.MK受体种类繁多，信号通路复杂多样，这就决定了MK功能的多样化，它能促进很多种类细胞的生长、存活、分化和迁移，具有抗细胞凋亡的作用，不仅与肿瘤发生密切相关，而且在很多组织的发育形成及损伤后的修复再生过程均有参与.MK已成为恶性肿瘤在内的多种疾病治疗中颇具前景的分子靶点.本文中对MK的基因及蛋白结构、受体及相关信号通路、分子功能及作用机制等进行了全面的综述，并对其在肿瘤发生和发育与组织再生等方面的生物学功能及研究意义进行了深入的探讨.

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NFY和RFX1对人PNRC启动子的调控作用

张艳，陈彬，陈敏，李渝萍，陈健，娄桂予，周度金

中国生物化学与分子生物学报. 2007, 23(12): 988-995.

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探讨核因子Y（nuclear factor Y, NFY）和调节因子X1（regulatory factors that bind to the X box, RFX1）对人PNRC（prolinerich nuclear receptor coactivator）基因的调控作用及机制.根据凝胶电泳迁移率变化实验，分析NFY和RFX1与PNRC启动子区域的结合.将含有NFY和RFX1的真核表达质粒(pCMV-NFY, pCMV-RFX1)和含有PNRC启动子的荧光素酶报告基因质粒共转染HepG2细胞，检测转染细胞的荧光素酶活性，并用RT-PCR和Western印迹检测PNR的表达情况.Quick-Change法对PNRC启动子区NFY和RFX1结合位点进行突变，将包含突变点的重组荧光素酶报告质粒与含有NFY和RFX1的真核表达质粒共同转染HepG2细胞，检测各组荧光素酶活性.结果发现，NFY和RFX1能与PNRC启动子区域特异性结合；转染pCMV-NFY和pCMV-RFX1可抑制PNRC启动子活性并下调PNRC在HepG2细胞中的表达；包含NFY和RFX1结合位点的突变质粒与pCMV-NFY和pCMV-RFX1共转染后，NFY和RFX1对PNRC启动子活性的抑制作用消失. 以上结果提示，NFY和RFX1能调控PNRC基因的表达，其机制是与PNRC启动子区域的特异性结合位点相结合，发挥其反式抑制作用.

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巨大芽孢杆菌分子伴侣GroES和GroEL新基因的克隆及同源性分析

鲍方名,龚蕾,邵蔚蓝

中国生物化学与分子生物学报. 2007, 23(12): 996-999.

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巨大芽孢杆菌作为革兰氏阳性细菌的一种，是良好的重组蛋白的表达宿主.本研究利用PCR技术从巨大芽孢杆菌基因组克隆出一条1.9 Kb的基因片段.核酸序列分析结果表明，该片段全长1 984 bp,包含2个ORF，分别与芽孢杆菌来源的GroES和GroEL基因有高度的相似性.氨基酸序列比对发现，GroES蛋白与枯草芽孢杆菌来源的GroES蛋白氨基酸序列同源性为91%，GroEL蛋白氨基酸序列同源性为90%.

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三七鲨烯合酶基因在三七根、茎、芦头中的转录表达与三萜皂苷合成

吴耀生，朱华，李珅，赵瑞强，蓝秀万

中国生物化学与分子生物学报. 2007, 23(12): 1000-1005.

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三萜皂苷是三七、人参等重要药用植物的主要有效成分．采用改进的异硫氰酸胍法提取到三七RNA，经RT-PCR克隆技术获得三七三萜合成通路关键酶之一鲨烯合酶(squalene synthase, SS) cDNA，长1 270 bp，读码框架编码415个氨基酸．比对分析表明,推衍的三七SS氨基酸序列与人参、积雪草、青蒿、拟南芥和水稻SS的一致性分别为98%、89%、81%、78%和71%．利用实时荧光定量RT-PCR技术对三七根、茎、芦头的SS转录表达研究发现,一年生三七根SS基因转录表达量最高，高于茎和芦头的表达；但总皂苷含量是:芦头>叶>根>茎．可能与SS之后其它三萜合成关键酶的活性差异或/和三萜合成后的定向输送及累积有关．

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抗酶1基因转染对HeLa细胞增殖及细胞周期的抑制作用

姜立,马文丽,李晋,彭翼飞,徐兵,郑文岭

中国生物化学与分子生物学报. 2007, 23(12): 1006-1011.

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研究抗酶(antizyme)1对人宫颈癌HeLa细胞增殖与细胞周期的影响，并分析抗酶1对细胞周期蛋白D1(cyclin D1)的表达影响.采用定点突变技术，将抗酶1的frameshift位点缺失，随后将突变基因重组至真核表达载体pEGFP-N1中,鉴定后转染HeLa细胞.通过MTT法检测细胞增殖变化，流式细胞术分析抗酶1对细胞周期的影响.RT-PCR和Western印迹检测抗酶1转染对细胞周期蛋白 D1基因表达的影响.酶切结果显示,抗酶1突变基因成功克隆至pEGFP-N1中.成功转染HeLa细胞后，检测结果显示,抗酶1能够减慢HeLa细胞增殖速度，并使细胞停滞于G₀/G₁期，细胞周期蛋白D1基因的表达同时受到抑制.实验说明,抗酶1基因能够抑制HeLa细胞增殖，通过降低细胞周期蛋白D1的表达阻滞细胞周期.

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重组PICK1蛋白的多聚形式及其与Ca²⁺和Mg²⁺的结合

石亚伟，张蕾，肖虹，王丽丽

中国生物化学与分子生物学报. 2007, 23(12): 1012-1018.

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蛋白激酶Cα相互作用蛋白1(PICK1) 是从线虫到人的所有生物中非常保守的一类存在于细胞质中的膜结合蛋白，在蛋白质转运，以及细胞内信号转导过程中发挥重要作用.通过基因重组技术获得PICK1及其截短的 N-PDZ(1～110 残基)和 BAR-C(128～416残基)重组蛋白，结合变性与非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳，以及分子排阻层析，表明溶液中的PICK1主要以二聚体形式存在.利用荧光光谱分析PICK1与金属离子Ca²⁺和Mg²⁺的结合情况.结果表明,在0.02 mol/L Hepes, pH 7.2，随着2种金属离子的不断滴加，PICK1在338 nm 处的最大荧光强度逐渐降低，PICK1与Ca²⁺结合常数为Ka1=（2.34±0.20）×10.6 L/mol^-1，Ka2=(7.75±0.62)×10.5 L/mol^-1,而Mg²⁺结合常数为Ka=（5.00±0.40）×10.6 L/mol^-1.另外，对PICK1的N端区域N-PDZ和C端区域BAR-C的重组片段与金属离子Ca²⁺和Mg²⁺结合情况进一步分析表明，Ca²⁺既能与PICK1的N 端N-PDZ结合,又可与C端BARC结合，而Mg²⁺只结合在PICK1的N-PDZ区域.比较Ca²⁺或Mg²⁺对PICK1结合脂质的影响，显示Ca²⁺能明显增强蛋白和脂质的结合.

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PNRC1剪接变异体的鉴定及其在辅激活核受体介导基因转录功能上的比较

王元忠，李渝萍，陈敏，陈彬，陈健，周度金

中国生物化学与分子生物学报. 2007, 23(12): 1019-1024.

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为分析富含脯氨酸核受体辅调节蛋白1(PNRC1)选择性剪接, 及比较PNRC1剪接变异体在辅激活核受体介导基因转录功能上的差异，在生物信息学方法分析PNRC1剪接变异体的基础上，设计一定的特异性引物，采用RT-PCR结合克隆测序的方法对这些剪接变异体进行验证. 利用酵母双杂交和荧光素酶报告系统实验，分析它们与核受体的相互作用及比较它们在辅激活核受体介导基因转录功能上的差异.结果显示，生物信息学预测的几个剪接变异体真实存在于人的组织和细胞系中，这些剪接变异体在与雌激素受体α(ERα)、类固醇衍生因子1(SF1)等核受体的相互作用的强度及辅激活核受体介导基因转录功能上存在较大的差异. 研究提示，PNRC1这些剪接变异体在体内可能发挥不同的功能.

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敲减单纯疱疹病毒Ⅱ型（HSV-2）UL30蛋白表达可抑制HSV-2复制

冯海，张浩，屠静，罗凌琪，周琦，彭宜红

中国生物化学与分子生物学报. 2007, 23(12): 1025-1030.

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按照shRNA（small hairpin RNA）设计要求，选择编码单纯疱疹病毒Ⅱ型DNA多聚酶催化亚单位的U_L30（unique long 30，U_L30）基因序列保守区域，设计、合成并构建表达U_L30序列特异性siRNA（short interfering RNA）的质粒载体pUL30．通过磷酸钙转染法将其转染入HEK（human embryonic kidney）293细胞中，用蛋白印迹法检测对HSV-2 UL30蛋白表达的影响，观察受染细胞病变效应（cytopathic effect，CPE），终点滴定法测定细胞上清液中病毒感染滴度（50% tissue culture infective dose，TCID₅₀）．结果表明，针对U_L30基因的siRNA能有效抑制UL30蛋白表达，同时显著抑制受染细胞的CPE，降低上清液中病毒感染滴度．提示本研究建立的针对U_L30基因特异性siRNA能有效阻断HSV-2在HEK293细胞内的复制，U_L30基因是一个潜在的抗HSV-2复制的药物靶标．

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过表达人p33^ING1b促进UV诱导的衰老细胞凋亡

于宏升,鲁云彪,白俊海，毛泽斌

中国生物化学与分子生物学报. 2007, 23(12): 1031-1036.

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p33 ^ING1b是肿瘤抑制基因ING1的主要表达形式，已有的研究表明，p33^ING1b参与了细胞的生长抑制、凋亡、染色质重塑、DNA损伤修复、肿瘤抑制等.但是,它在细胞衰老过程中的作用目前还不清楚.本研究分析了p33 ^ING1b基因在细胞衰老过程中的表达情况.结果发现,无论在mRNA水平还是在蛋白水平，p33 ^ING1b在衰老细胞中的表达均降低.通过构建和包装含p33^ING1b基因的重组腺病毒，将p33 ^ING1b导入衰老细胞中使其过表达，结果显示,p33^ING1b的过表达明显促进UV诱导的衰老细胞凋亡，提示p33I^NG1b在衰老细胞中的表达下调与衰老细胞抗凋亡有关.

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人间充质干细胞抑制肝癌细胞增殖的作用及其基因表达谱分析

乔玲，赵铁军，山长亮，叶丽虹，张晓东

中国生物化学与分子生物学报. 2007, 23(12): 1037-1044.

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干细胞移植治疗肿瘤具有重要的临床价值．应用人间充质干细胞条件培养液作用H7402肝癌细胞，拟探讨间充质干细胞对肿瘤细胞的抑制作用，为今后应用人间充质干细胞进行肿瘤细胞治疗奠定理论基础．应用胎儿真皮来源的 Z3 间充质干细胞和胎儿骨髓来源的 BMMS-03 间充质干细胞的条件培养液作用于H7402肝癌细胞，采用软琼脂克隆形成实验、流式细胞仪技术、基因芯片技术和免疫印迹技术观察 H7402 细胞的克隆形成、增殖和基因表达谱变化．结果显示，H7402 细胞在间充质干细胞条件培养液作用下，克隆形成和增殖受到了明显抑制；基因芯片检测结果显示，H7402 细胞在间充质干细胞条件培养液作用下有 23 个基因上调表达，17 个基因下调表达，这些差异表达的基因与细胞的转录调控、新陈代谢、信号转导、细胞周期、应激反应和细胞粘附等功能相关．本实验结果表明，人间充质干细胞对 H7402 肝癌细胞的克隆形成和增殖具有抑制作用，并有多种基因的表达发生改变，这些基因表达的改变可能参与了对上述肿瘤细胞的抑制．

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脓毒症单核巨噬细胞特异性结合肽的筛选

丁宁，刘承武，李志杰，刘靖华，邓鹏，姜勇

中国生物化学与分子生物学报. 2007, 23(12): 1045-1050.

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利用噬菌体随机肽库展示技术，筛选出与脓毒症单核/巨噬细胞特异性结合的短肽，探索脓毒症治疗的新方法.分别以经过脂多糖(lipopolysaccharide, LPS)处理的人外周血单核细胞株(THP-1)细胞作为筛选的靶细胞，以未经LPS处理的THP-1细胞作为非特异性噬菌体吸附细胞，对噬菌体随机环七肽库进行4轮“差减"筛选，经过细胞ELISA验证阳性噬菌体克隆，对获得的阳性克隆进行DNA测序及生物信息学分析，并进一步利用免疫荧光实验,鉴定噬菌体克隆与LPS处理THP-1细胞的结合特异性.4轮筛选后，随机挑取的噬菌体克隆,测序后得到可与LPS处理的THP-1细胞特异性结合肽.对去冗余后的七肽进行Clustal W多序列比对分析和BlastP蛋白同源相似性分析，细胞免疫荧光检测确定获得的噬菌体展示七肽可与LPS处理的THP-1细胞特异性结合.噬菌体随机肽库技术为脓毒症单核/巨噬细胞表面靶位的筛选提供了高效、快捷的筛选体系，实验获得的多肽基序具有高度保守性和细胞特异性，这些多肽的生物活性将是下一步的研究内容.

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膜转运蛋白的功能性超表达和纯化

谢浩,李其昌,郭小明

中国生物化学与分子生物学报. 2007, 23(12): 1051-1058.

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膜转运蛋白结构和功能的研究是功能膜蛋白质组研究中的一个重要内容，而大量蛋白质的分离纯化是进行蛋白质的结构和功能研究的基础.目前,结构和功能膜蛋白质组学相关研究的瓶颈,在于不能有效地超量表达和纯化具有生物活性的膜转运蛋白.影响膜转运蛋白超量表达和纯化的关键因素,包括目标蛋白的拓扑学结构分析和去垢剂的选择.进行膜转运蛋白拓扑学结构的分析,对于构建用于活体表达的重组膜转运蛋白具有指导意义.去垢剂能够稳定去膜状态的膜蛋白，在膜转运蛋白的离体表达和亲和纯化以及包涵体的处理过程中具有重要的作用.本文就目前功能膜蛋白质组学研究中所涉及的有关膜转运蛋白功能性超表达和分离纯化策略及关键技术作一简述.

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胰岛素对小鼠胚胎印迹基因Igf2/H19甲基化水平和表达的影响

邵伟娟，赵茹茜，陶凌云，高诚,,，胡建华;

中国生物化学与分子生物学报. 2007, 23(12): 1059-1064.

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探讨胰岛素对小鼠早期胚胎体外发育影响的分子机理.将小鼠2细胞胚胎培养于KSOM+0.25 μg/ml胰岛素培养基内，发育至桑椹胚和囊胚.提取桑椹胚和囊胚的总RNA和DNA.实时定量PCR分析，实验组桑椹胚Igf2 mRNA表达是对照组的4.7倍，H19表达是对照组的5.7倍；实验组囊胚Igf2 mRNA表达是对照组的1.8倍，而H19表达量是对照组的2.3倍；BSP测序法分析Igf2/H19印迹控制区的甲基化水平，实验组桑椹胚、囊胚的甲基化率分别为7.3%和32.3%，分别比对照组下降86.4%和35.4%.结果显示,胰岛素降低植入前胚胎Igf2/H19印迹控制区DNA甲基化的水平，从而使Igf2和H19基因表达升高.

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