中国生物化学与分子生物学报

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余鑫煜;许正平,

中国生物化学与分子生物学报. 2008, 24(03): 189-196.

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对蛋白质相互作用及其网络的了解不仅有助于深入理解生命活动的本质和疾病发生的机制，而且可以为药物研发提供靶点.目前，通过高通量筛选、计算方法预测和文献挖掘等方法,获得了大批量的蛋白质相互作用数据，并由此构建了很多内容丰富并日益更新的蛋白质相互作用数据库.本文首先简要阐述了大规模蛋白质相互作用数据产生的3种方法，然后重点介绍了几个人类相关的蛋白质相互作用公共数据库，包括HPRD、BIND、 IntAct、MINT、 DIP 和MIPS，并概述了蛋白质相互作用数据库的整合情况以及这些数据库在蛋白质相互作用网络构建上的应用.

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单功能过氧化氢酶的高级结构

王伟;孙谧;刘万顺

中国生物化学与分子生物学报. 2008, 24(03): 197-202.

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单功能过氧化氢酶是在生物界广泛分布的抗氧化酶.近年来，人们在对单功能过氧化氢酶一级结构与生化性质深入研究的基础上，针对十几种单功能过氧化氢酶的高度保守的空间结构开展了研究.认识了其活性中心的血红素及周围保守残基，发现了酶的许多特殊结构，如方向不同的血红素，增强酶抗氧化性的侧链残基的共价键和保证酶高效催化的分子内通道等.本文综述了单功能过氧化氢酶空间结构研究现状，概括了酶构象的基本特点，分析了关注和争议较多的酶血红素、肽链侧链共价键及酶分子内通道等重点问题.深入研究单功能过氧化氢酶空间结构是一挑战性的课题，它将推动酶蛋白高级结构形成和酶催化模式等基础理论研究.

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甲壳动物精氨酸激酶的结构与功能

姚翠鸾,王志勇,相建海

中国生物化学与分子生物学报. 2008, 24(03): 203-208.

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精氨酸激酶（Arginine kinase）是调节无脊椎动物能量代谢的重要酶，在调节无脊椎动物体内磷酸精氨酸与ATP之间的能量平衡过程中具有重要作用。甲壳动物是节肢动物门内最重要的类群之一，并具有重要的经济价值。本文综述了甲壳动物体内精氨酸激酶的分子构象、表达变化及生理功能等方面的研究进展，为深入研究甲壳动物的能量代谢调控机制提供必要的参考。另外，文中对甲壳动物精氨酸激酶的重要性和研究中存在的问题进行了讨论。

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SENP1与前列腺癌

肖利云,杨春华,邢欣荣,伍会健

中国生物化学与分子生物学报. 2008, 24(03): 209-213.

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SUMO (small ubiquitin-related modifier)是一种小泛素相关修饰物，能共价结合许多调控基因转录的重要蛋白，包括转录因子、转录辅助因子等．SUMO化修饰对蛋白-蛋白之间的相互作用、亚细胞定位、基因转录的活性以及靶蛋白的稳定性等具有重要的调节作用． SUMO化修饰是一个动态可逆的过程，将SUMO从靶蛋白上去除，称为去SUMO化（desumoylation），去SUMO化是SUMO特异蛋白酶（SUMO-specific proteases，SENPｓ）的主要功能．由于SUMO化是近几年才发现的一种新的蛋白质翻译后修饰系统，对其生物学功能还不十分清楚．前列腺癌是男性最常见的恶性肿瘤，最近的研究发现，SENP1在前列腺癌细胞中高表达，而且雄激素能诱导SENP1的表达，表明SENP1与前列腺癌的发生、发展密切相关．在本篇综述中，我们将就SENP1作一介绍．

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骨桥蛋白与肿瘤转移

杜广营

中国生物化学与分子生物学报. 2008, 24(03): 214-220.

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转移是肿瘤恶化的主要标志.骨桥蛋白被称为"肿瘤转移基因",是一种分泌型、粘附性的糖基化磷蛋白,与其主要受体整合素和CD44相互作用,参与多种器官和组织的生理病理过程,具有多种功能.近来的很多研究揭示,骨桥蛋白在肿瘤细胞的粘附、浸润、迁移及新血管生成过程中起关键作用. 骨桥蛋白在血清中的含量高低与病人的肿瘤转移情况及预后密切相关.很多研究认为,骨桥蛋白是一个很好的肿瘤转移标志物,是诊断与治疗肿瘤转移的新靶点.本文就骨桥蛋白的一般生物学特点及其在肿瘤转移过程中所起的作用和主要机制进行综述.

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一种适合针刺活检样品的蛋白质组学分析方法

林建峰，田鸿宇，高霞，余梅兰，陈清西，许根俊,，赵辅昆,

中国生物化学与分子生物学报. 2008, 24(03): 221-230.

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针刺活检样品是一种重要的临床组织样品，其蕴涵的蛋白质信息，对了解人类疾病极为重要.然而，由于该样品的体积极小，其研究受到很大限制.本文建立和优化了适合针刺活检样品的基于双向电泳的蛋白质组学分析平台：通过直接抽提获得针刺活检组织的蛋白质样品；用24 cm 固定梯度干胶条(pH 3-10NL)等电聚焦及12.5% SDS-PAGE分离获得蛋白质样品；感兴趣的蛋白质点经过胰酶酶解后用MALDI TOF/TOF质谱分析.运用所建立的平台对3例来自3只不同大鼠的肝脏针刺活检样品进行分析，获得了多于2500个蛋白质点的高重复性的二维凝胶银染图谱.应用该方法分析人前列腺针刺活检样品的蛋白质组，同样获得了高质量、高重复性的结果.其中随机选取的包括低丰度点在内的57个蛋白质点，经胰酶酶解后进行MALDI串联质谱分析，均获得了高确定性的鉴定结果.通过建立针刺活检样品的蛋白质组学分析方法，为研究人类疾病的分子机制提供了必要的前提保障.

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垂体瘤转化基因(PTTG1)可抵抗UV诱导的细胞凋亡作用

来永庆，朱绪辉，那彦群，辛殿祺&#;

中国生物化学与分子生物学报. 2008, 24(03): 231-236.

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垂体瘤转化基因（PTTG1）在很多肿瘤中呈高水平表达.越来越多的研究表明,PTTG1与细胞增殖、细胞转化有关.但PTTG1在凋亡中的作用仍不清楚.通过在细胞中下调和过表达PTTG1，观察PTTG1在UV照射诱导凋亡中的作用.结果发现, RNAi-介导下调HeLa细胞PTTG1表达可增加对UV诱导凋亡的敏感性，而过表达PTTG1则降低对UV诱导凋亡的敏感性.此外，UV照射能降低PTTG1蛋白的表达水平，并且表现为明显的剂量和时间关系.这些研究结果显示,PTTG1在UV照射诱导的凋亡中发挥重要的抗凋亡作用.这为研究PTTG1在肿瘤发生、发展中的作用机制提供了新的实验证据.

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显性失活缺氧诱导因子-1通过下调VEGF表达促进宫颈癌细胞凋亡

赵凤艳,唐彬秩,欧阳运薇,母得志,毛萌,张林，庞秋霞，屈艺&#;

中国生物化学与分子生物学报. 2008, 24(03): 237-243.

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将表达野生型缺氧诱导因子-1α (hypoxia inducible factor-1 α, HIF-1α)的重组质粒pcDNA3.1-full length HIF-1α，表达抑制型HIF-1α的重组质粒pcDNA3.1-dominant negative HIF-1α和空质粒pcDNA3.1稳定转染人宫颈癌SiHa细胞，研究HIF-1α对人宫颈癌SiHa细胞生物学行为的影响．采用免疫细胞化学法和Western 印迹检测HIF-1α与VEGF蛋白的表达；CoCl2化学缺氧法处理细胞，采用原位缺口末端标记(TUNEL)法检测细胞凋亡情况．结果显示，显性失活HIF-1α能下调VEGF蛋白的表达，促进细胞缺氧条件下的凋亡，这提示HIF-1α可能在宫颈癌的发生发展中起作用，利用显性失活HIF-1α转染抑制HIF-1α可望成为宫颈癌治疗基因治疗的又一新途径．

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芸苔属（Brassica）植物中microRNAs的生物信息学预测与分析

项安玲，黄思齐，杨志敏&#;

中国生物化学与分子生物学报. 2008, 24(03): 244-256.

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MicroRNA (miRNA) 是一类调控基因转录后表达的非编码的小分子RNA．它在生物的发育、细胞增殖、凋亡以及胁迫响应等生物过程中发挥着重要的调控作用．目前,分离和鉴定miRNA的方法主要包括实验方法（遗传筛选、直接克隆）和生物信息学方法．MiRNA存在表达丰度低，表达组织特异性，以及受特殊诱导等问题，用传统的实验法常难发现和鉴定miRNA．通过生物信息学方法在已有的各种基因库中寻找未知miRNA，大大提高了人们发现miRNA及其靶基因的效率．芸苔属（Brassica）的成员包括油菜、芜青、甘蓝等，是世界各国主要油料和食用作物．目前，油菜的miRNA的分离和鉴定工作已有文献报道，而其它的尚属空白．本文将拟南芥、水稻等植物已知的miRNA分别与芜青、甘蓝、野芥菜、黑芥菜、埃塞俄比亚芥的GSS和EST数据库进行比对搜索，采用一系列标准进行筛选，最后分别在芜青和甘蓝中预测到67个和95个miRNA．再把这些预测得到的miRNA分别与芜青和甘蓝的mRNA数据库进行比对搜索，分别找到120个和111个靶基因，除去未知功能及功能不详的，各有62个和48个靶基因．分析结果表明，上述大多数靶基因编码的产物为转录因子及重要代谢酶类，涉及植物的生长发育调控，信号转导及胁迫响应等方面．

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不同猪品种肌肉组织FoxO1与MyoD基因mRNA的表达及其相关性分析

杨燕军,白亮，庞卫军，杨公社&#;

中国生物化学与分子生物学报. 2008, 24(03): 257-261.

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分别取6月龄八眉猪、长白猪和长×八杂交猪背最长肌，提取总RNA，设计并合成猪FoxO1和MyoD 引物，以β肌动蛋白作为内参，优化反应条件和体系，利用RT-PCR方法检测八眉、长白和长×八杂交猪肌肉组织中FoxO1和MyoD基因mRNA 的表达.结果表明,在不同经济类型猪品种肌肉组织中,FoxO1和MyoD基因mRNA的表达丰度均存在显著差异，FoxO1在八眉猪肌肉组织中的表达普遍高于长白猪（P<0.01），在杂交组合长×八肌肉组织中的表达也高于长白猪（P<0.01）；而MyoD恰好相反，即在长白猪肌肉组织中的表达普遍高于八眉猪（P<0.01），在杂交组合长×八肌肉组织中的表达也高于八眉猪（P<0.01）．结果提示,FoxO1和MyoD基因mRNA的表达在肌肉发育中存在负相关（r = 0.728 , P < 0.05），FoxO1在肌肉组织中的上调作用,可能是造成的MyoD基因mRNA表达降低的原因之一，进而负调控肌肉的发育和骨骼肌的量．

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猕猴桃6个LOX基因家族成员实时定量PCR引物特异性的检测与应用

张波，徐昌杰，陈昆松&#;

中国生物化学与分子生物学报. 2008, 24(03): 262-267.

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从基因家族成员的视角开展基因表达研究是阐明基因功能的重要组成内容，实时定量PCR（QPCR）技术是分析基因表达的有效手段.以猕猴桃脂氧合酶（LOX）基因家族6个成员为对象，分析了引物特异性的检测方法.该方法整合了熔点曲线分析、琼脂糖电泳、交叉PCR扩增和PCR产物测序等分析手段，有效消除其他成员的交叉扩增干扰，为利用QPCR检测基因家族成员表达提供了特异、准确与可行的途径.

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低分子量透明质酸寡糖片段介导内皮细胞增殖的信号通路

杨翠霞,刘鷖雯,何怡青,高锋&#;

中国生物化学与分子生物学报. 2008, 24(03): 268-275.

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为研究低分子量透明质酸寡糖片段(hyaluronan oligosaccharides, o-HA)对血管内皮细胞生长与迁移的影响,及透明质酸（hyaluronan,HA）受体（CD44与RHAMM）在此过程中的作用，首先通过细胞计数、MTT实验、细胞周期分布及单层细胞损伤模型修复实验，观察o-HA对血管内皮细胞（猪髂总动脉内皮细胞，porcine vascular endothelial cell line，PIEC）增殖及创伤愈合的影响．结果显示，o-HA明显促进血管内皮细胞生长，并且能够促进内皮细胞向创伤区迁移.蛋白质免疫印迹分析证明,o-HA作用于PIECs后，细胞Src激酶、ERK-1/2的磷酸化程度增强，c-Myc蛋白、周期蛋白D1表达水平增高.Src 激酶特异性的化学抑制剂PP2可轻度抑制ERK-1/2磷酸化；进而通过抗-CD44与抗-RHAMM抗体分别预先封闭细胞表面相应的特异性受体位点后，再用o-HA刺激细胞，探讨HA受体在o-HA介导PIECs信号传导过程中的作用．结果显示，抗CD44抗体不能抑制o-HA介导的ERK-1/2磷酸化；而抗RHAMM抗体可轻度抑制o-HA介导的ERK-1/2磷酸化．结果提示，o-HA具有促进血管内皮细胞增殖及创伤愈合的作用，其机制可能是通过血管内皮细胞表面受体RHAMM实现的.该作用可能通过激活Src激酶及细胞内MAPK（ERK-1/2）信号通路，启动早期反应基因转录，诱使c-Myc蛋白高表达，从而促进血管内皮细胞生长．该作用也可能与上调细胞周期蛋白 D1的表达有关．

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大鼠心肌虚血再灌流后肝细胞再生因子的表达变化

文锦华&#;，陈园园

中国生物化学与分子生物学报. 2008, 24(03): 276-280.

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肝细胞再生因子（hepatocyte growth factor, HGF）对多种细胞都具有促进增殖及运动、抗凋亡的作用，对组织器官的发育形成也起到重要作用．在肝脏、肾脏、肺、心脏等器官受损之后的修复过程中，有积极的促进再生的作用．本研究采用了心虚血再灌流大鼠模型，发现心肌细胞受损伤后 6 h 血清中HGF水平显著增高．在比较了肾脏、肺、肝脏、脾脏等组织提取液中HGF的含量之后，发现心虚血再灌流手术后,肾脏、肺、肝脏中HGF的含量变化不明显，而脾脏的提取液中HGF的含量增加显著．对脾脏组织的连续切片进行HGF与血管内皮细胞的特异性标志物von Willanbrand Factor (vWF)免疫组织化学染色研究，发现手术后脾脏中产生HGF的细胞主要为血管内皮细胞．此项研究首次阐明组织器官受损后，远端组织器官的血管内皮细胞能够增加HGF的合成和分泌，增加的HGF通过体液循环到达受损组织器官，促进其修复再生．

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滨藜（Atriplex patens）核糖体失活蛋白基因的克隆和分析

孙素荣,胡俊,兰海燕,张富春

中国生物化学与分子生物学报. 2008, 24(03): 281-285.

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为开发利用新疆野生植物滨藜，采用反转录-多聚酶链式反应(RT-PCR)，从滨藜（Atriplex patens）叶中克隆核糖体失活蛋白（ribosome inactivating proteins ，RIPs）基因的完整读码框ORF片段.序列分析表明，该片段大小为843 bp,编码1 条长280个氨基酸肽链, 其中N 端的26个氨基酸是信号肽.滨藜核糖体失活蛋白（ApRIP）属Ⅰ型核糖体失活蛋白.同源性比较分析显示，滨藜RIP与藜科植物藜的核糖体失活蛋白，天花粉蛋白（TCS）和美洲商陆蛋白（PAP）基因序列的同源性分别为82%，41%和55%.氨基酸序列比对和SWISS-MODEL同源模建分析表明，滨藜RIP的3′端氨基酸肽链具有与其它RIP相同的活性中心位点"EAARXKXI".

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