中国生物化学与分子生物学报

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张义玲，郭艳合，王毅刚，刘立，钱程

中国生物化学与分子生物学报. 2008, 24(08): 685-691.

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mRNA在真核生物基因表达的转录后调控中发挥着重要作用.然而最新研究发现,一种被命名为P-body胞浆复合体是mRNA转录后调控过程中的一个重要场所，在基因表达过程中起到了至关重要的调控作用.该复合体富含多种功能的蛋白，同时还有细胞因子与RNA等成分组成，其功能特征为参与mRNA降解、翻译抑制、mRNA监视以及RNA介导基因沉默等重要生命活动过程.研究发现,P-body是特化的细胞成分.本文详细阐述P-body的发现、结构特征以及与mRNA转录后调控的关系，使人们对P-body的生物学功能有更深入地了解和认识，另一方面将有助于更进一步深入探讨基因的表达调节机制..

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芽殖酵母和裂殖酵母中异染色质形成机制

于莹莹，杨景，黄鹰

中国生物化学与分子生物学报. 2008, 24(08): 692-697.

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芽殖酵母(Saccharomyces cerevisiae)和裂殖酵母(Schizosaccharomyces pombe)是用来研究异染色质形成、细胞周期、DNA复制等重要细胞功能的理想单细胞真核生物.本文主要介绍这2种酵母中异染色质形成的机制.异染色质是一种抑制基因转录和DNA重组的特殊染色质结构.尽管在芽殖酵母和裂殖酵母中异染色质形成都需要组蛋白修饰，但异染色质建立的机制不同.在芽殖酵母中参与异染色质形成的主要蛋白是Sir1-4蛋白（其中Sir2为组蛋白H3去乙酰化酶），而组蛋白H3赖氨酸9甲基化酶Clr4和异染色质蛋白Swi6在裂殖酵母异染色质形成中起关键的作用.在这两个酵母中，参与异染色质形成的组蛋白修饰蛋白由DNA结合蛋白招募到异染色质.此外，裂殖酵母也利用RNA干扰系统招募组蛋白修饰蛋白.

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潜在的成体肝干/祖细胞

李福生，张耀洲

中国生物化学与分子生物学报. 2008, 24(08): 698-703.

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研究者在50年前提出“成体肝组织内存在肝干细胞”这一假说.肝干/祖细胞研究对干细胞基础研究及其临床治疗研究都有着重要的意义.研究者也已从损伤的人类和啮齿动物的肝组织中分离到激活的肝干/祖细胞，并建立了相应的培养体系.目前的研究表明，肝内存在多个具有干细胞特性的细胞，且它们位于肝内不同的区域.另外，潜在的肝干/祖细胞的分子表达谱也已得到一定的阐述.本文结合肝干/祖细胞的研究，对成体肝干/祖细胞的潜在类型、来源与定位作一回顾.

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盐碱协同胁迫对向日葵抗氧化酶系统的影响

盛艳敏;尹金植;石德成王得利

中国生物化学与分子生物学报. 2008, 24(08): 704-711.

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根据中国东北盐碱土壤特点,将4种盐NaCl、NaHCO3、Na2SO4和Na2CO3按不同比例混合,模拟出25种盐度和pH值各不相同的复杂盐碱条件(盐浓度为50～250 mmol/L,pH值为712～1046),并对向日葵苗进行盐碱混合胁迫处理,研究了向日葵超氧化物歧化酶(SOD)、过氧化氢酶(CAT)和过氧化物酶(POD)酶等抗氧化酶系统和丙二醛(MDA)的盐碱协同胁迫效应．结果表明, 向日葵抗氧化物酶活性强弱同时与盐度和碱度密切相关,3种抗氧化物酶活性对于盐浓度的反应相似,均为其含量随着盐浓度的升高开始逐渐升高然后下降,而对于pH的影响,不同酶反应结果不同．即随着pH值升高,SOD酶活性和CAT酶活性降低,而POD酶活性反应则是随着pH值升高活性也升高．双向方差分析(ANOVA)结果表明：盐碱效应对于3种酶活力的影响是显著的．其中,盐效应对POD和SOD活性的影响比pH值的影响大,而pH值对CAT活性的影响效应比盐效应大．除SOD外,盐碱效应的交互作用显著 (P<0001)．抗氧化酶系统和MDA含量两者间相关性和逐步回归分析表明,3种酶对MDA的影响效应随其强度不同呈现显著不同．其中SOD是1个主导因子,CAT 处于次位, 而POD的影响不大,甚至可以忽略．

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不同分化程度的鼻咽癌细胞系质膜差异蛋白质组分析

盛婷婷，张丽军，刘晓慧，贾小芳，熊继先，贺权源，曹锐，彭霞，石妮，梁宋平

中国生物化学与分子生物学报. 2008, 24(08): 712-718.

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本研究以CNE1和CNE2为材料,采用亚细胞蛋白质组研究方法研究不同分化程度鼻咽癌细胞系的差异蛋白质．首先用Percoll密度梯度离心法获得高纯度质膜，通过双向凝胶电泳分离、PDQuest软件分析后找出在肿瘤细胞中表达变化的蛋白质点，再用基质辅助激光解析电离飞行时间串联质谱（MALDI-TOF/TOF-MS）进行鉴定，共鉴定到9个具有2倍或2倍以上差异的蛋白质.这些表达差异的蛋白质参与了细胞分化、代谢及细胞信号传导过程．我们对其中5个蛋白质进行了实时定量PCR分析，对其中4个蛋白质的表达进行了免疫印迹验证．本试验为研究不同分化程度的鼻咽癌提供了一种蛋白质组研究方法，并且找到了galectin-1、annexin Ⅱ等一些可能与分化相关的蛋白质.这些数据对于研究鼻咽癌的生物学特性具有非常重要的意义．

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家蚕核糖体蛋白L7基因cDNA序列的克隆和分析

贺平安，聂作明，吕正兵，龙晓辉，王丹，陈健，张耀洲

中国生物化学与分子生物学报. 2008, 24(08): 719-726.

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为了研究家蚕孤雌生殖的调节机制,应用二维凝胶电泳(2DE)技术分离正常生殖的家蚕卵与孤雌生殖家蚕卵的差异蛋白质,在蛋白质水平上筛选与家蚕孤雌生殖过程相关的重要蛋白质.利用MALDI-TOF-TOF MS分析这些差异蛋白,获得了大量小肽的序列特征.BLAST搜索本实验室构建的cDNA文库,获得了1个与家蚕孤雌生殖相关的核糖体蛋白L7基因.根据已有的cDNA文库,采用RACE方法克隆得到该核糖体蛋白基因的全长cDNA.利用生物信息学的方法和工具,对这个基因在核酸水平和蛋白质水平分别作了详细的分析和讨论并进行蛋白结构预测.结果表明,核糖体L7基因的cDNA全长为858 bp,编码区包含6个外显子,共编码268个氨基酸残基,蛋白的疏水性平均值为-0.586,分子量大小为30 kD,极性的最大值为 39.616,最小值为0.451,等电点为10.52.分子系统分析显示,该蛋白与Apis, Lysiphlebus 和Meladema中的核糖体蛋白L7具有较高的同源性.

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麻疯树Jc-Tctp1基因的同源性分析及时空表达模式鉴定

林莎,高帆，罗洪，牛蓓，林颖，秦小波，徐莺，陈放

中国生物化学与分子生物学报. 2008, 24(08): 727-734.

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从麻疯树胚乳cDNA文库中获得了翻译调节肿瘤蛋白（translationally controlled tumor protein, TCTP）cDNA序列，命名为Jc-Tctp1（GenBank登录号为EF091818）.该序列全长1 410 bp，开放阅读框由507个碱基组成.Jc-Tctp1编码的推测蛋白产物含有168个氨基酸残基，该蛋白具有典型的TCTP蛋白特点：由3个α螺旋组成α螺旋核心、4个β片层结构构成β片层核心，及微管结合结构域（MTB）和钙结合结构域（CaB）.其推测氨基酸序列与巴西橡胶树（Hevea brasiliensis）、油棕（Elaeis guineensis）、大豆（Glycine max）、水稻（Oryza sativa,japonica cultivar-group）、黑杨（Populus trichocarpa）、番茄（Lycopersicon esculentum）、西加云杉（Picea sitchensis）、拟南芥（Arabidopsis thaliana）以及玉米（Zea may）的TCTP同源性依次为93 %、90 %、85 %、84 %、85 %、84 %、77 %、80 %和77 %.经构建含Jc-TCTP1在内的植物TCTP蛋白分子进化树分析，发现单子叶植物并未按照其生物学分类的地位出现聚合.用半定量RT-PCR研究Jc-Tctp1基因的表达模式，结果显示,其表达在转录水平上具有一定的组织和时间特异性，茎、Ⅰ期胚乳、胚中最为丰富，而在Ⅱ期胚乳和花中表达最弱.

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小鼠缺氧诱导丝裂原因子基因启动子的结构与功能分析

郑丽端;童强松,蔡嘉斌蒋国松;刘媛;杜志勇;董继华

中国生物化学与分子生物学报. 2008, 24(08): 735-741.

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缺氧诱导丝裂原因子（hypoxia-induced mitogenic factor, HIMF）是一种肺组织特异性生长因子，可刺激肺细胞增生和再生，但HIMF基因表达调控的机制尚未明确．为探索HIMF基因转录调控机制，首先以小鼠基因组DNA为模板，通过PCR扩增方法获得－348～+61 bp、－302～+61 bp、－131～+61 bp、－68～+61 bp的HIMF启动子片段，再将其定向克隆入pGL3-Basic载体，构建荧光素酶报告基因载体，并制备转录因子ETS-1结合位点的突变或缺失体．在阳离子脂质体的介导下，报告基因载体分别瞬时转染正常氧浓度条件下培养的小鼠肺上皮MLE-12和MLE-15细胞、结肠癌CT26细胞．结果发现，各HIMF启动子片段在MLE-12、MLE-15细胞中均有活性，但在CT26细胞中活性缺失；－302～－131 bp区存在HIMF启动子的核心调控元件．针对该区域ETS-1转录因子结合位点进行突变或缺失，能导致HIMF启动子活性显著降低；凝胶电泳迁移率实验表明,该区段能结合ETS-1．结果提示，转录因子ETS-1参与正常氧浓度下HIMF启动子活性的调控，为研究HIMF基因的转录调控机制奠定了实验基础．

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BPH-1通过分泌PGE2上调前列腺间质细胞ERRα的表达

苗琳，石建党，周颖，杜小玲，吴荃，王克明，张琚

中国生物化学与分子生物学报. 2008, 24(08): 742-747.

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摘要雌激素受体相关受体α（estrogen receptor-related receptor α，ERRα）是一类可以直接或间接参与雌激素应答反应的孤儿核受体，它与雌激素受体（estrogen receptor）在结构上有很强的同源性．雌激素效应在良性前列腺增生（benign prostatic hyperplasis，BPH）的发生和发展中起着重要的作用．通常，孤儿核受体的转录活性多受一些非经典激素如维生素A衍生物、前列腺素类、固醇的调控．本文研究前列腺上皮细胞分泌的活性因子对间质细胞ERRα表达调控的分子机制．收集前列腺增生上皮细胞系BPH-1和前列腺癌上皮细胞系DU-145的条件培养液（condition medium，CM）培养的间质细胞，采用实时定量RT-PCR和Western 印迹法检测前列腺间质细胞（prostate stromal cells，PrSCs）中ERRα的表达，筛选CM中影响ERRα表达的活性因子．研究结果显示，BPH-1的CM可以上调ERRα的表达，而DU-145的CM对ERRα的表达没有影响；BPH-1中合成前列腺素E2 (prostaglandin E2, PGE2)的限速酶——环氧合酶2（cyclooxygenase-2, COX-2）的mRNA表达水平和PGE2的分泌水平明显高于DU-145中COX-2表达水平和PGE2分泌水平；用经添加COX-2抑制剂NS-398的培养液处理BPH-1，其CM中PGE2的浓度明显下降，并失去了对ERRα表达的上调作用；添加PGE2可上调间质细胞中ERRα的表达．结果表明，BPH-1通过分泌PGE2促进间质细胞ERRa的表达，提示：在良性前列腺增生的发生和发展中，上皮细胞的旁分泌作用可促进间质细胞由ERRα介导的雌激素效应．

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FATE/BJ-HCC-2基因表达促进细胞增殖及肿瘤形成

闫萌，王巍，杨小昂，张毓，尹艳慧，陈慰峰

中国生物化学与分子生物学报. 2008, 24(08): 748-754.

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FATE/BJ-HCC-2是本实验室鉴定的一个新的肿瘤-睾丸抗原基因，定位于Xq28染色体.为探讨FATE/BJ-HCC-2 对细胞生物学行为的影响及裸鼠体内肿瘤形成能力的改变，分别采用脂质体转染真核表达载体及逆转录病毒感染两种方式，获得了FATE/BJ-HCC-2 表达的Bel-7402单克隆细胞株及NIH-3T3细胞克隆，并通过RT-PCR和Western 印迹在基因和蛋白水平鉴定了FATE/BJ-HCC-2 表达情况.通过3H-TdR参入法，检测细胞的增殖能力；通过稀释铺板克隆形成率测定和soft agar克隆形成实验，检测细胞的克隆形成能力；通过裸鼠体内细胞注射成瘤，检测细胞成瘤性和肿瘤生长速度.结果表明，FATE/BJ-HCC-2基因表达能明显提高细胞体外增殖、克隆形成能力和成瘤性.提示其对肿瘤的发生发展起到促进作用.

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RNAi 介导的组织因子基因沉默抑制裸鼠移植性结肠癌的生长

曹威，张同琳

中国生物化学与分子生物学报. 2008, 24(08): 755-760.

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组织因子(tissue factor,TF) 是机体外源性凝血途径的启动因子,发挥生理性止血的重要作用.近来研究表明，TF 除凝血功能外尚与多种恶性肿瘤的血管生成，侵袭转移及预后密切相关.为探讨 TF 对人结肠癌细胞（LoVo 细胞）生长能力的影响，构建带有 TFsiRNA 的重组腺病毒AdpTF 和不带有 TFsiRNA 的对照病毒 AdpDC，分别感染 LoVo 细胞，采用RTPCR 和 Western 免疫印迹法检测被感染 LoVo 细胞的 TF mRNA 和蛋白表达水平，并通过体内成瘤实验,进一步分析对 LoVo 细胞生长能力的影响.结果显示，与感染 AdpDC 的 LoVo 细胞相比，感染 AdpTF 的 LoVo 细胞的 TF mRNA 和蛋白表达水平更低，皮下种植瘤的体积更小，局部侵袭范围也更局限.研究表明，腺病毒介导的 RNAi 能特异而有效地沉默 LoVo 细胞中 TF 基因的表达，进而抑制 LoVo 细胞体内种植瘤的生长侵袭能力.

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构建基于折叠核心的全α类蛋白取代矩阵

刘晓辉，李晓琴，徐海松，任文科

中国生物化学与分子生物学报. 2008, 24(08): 761-766.

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氨基酸残基取代矩阵是影响多序列比对效果的重要因素，现有的取代矩阵对低相似序列的比对性能较低.在已有的 BLOSUM 取代矩阵算法基础上，定义了基于蛋白质折叠核心结构的序列结构数据块；提出一种新的基于全α类蛋白质折叠核心结构的氨基酸残基取代矩阵——TOPSSUM25，用于提高低相似度序列的比对效果.将矩阵TOPSSUM25导入多序列比对程序，对相似性小于25%的一组四螺旋束序列结构数据块的测试结果表明，基于 TOPSSUM25的多序列比对效果明显优于BLOSUM30矩阵；基于一个BAliBASE子集的比对检验也进一步表明, TOPSSUM25在全α类蛋白质的两两序列比对上优于BLOSUM30矩阵.研究结果可为进一步的阐明低同源蛋白质序列结构功能关系提供帮助.

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双分子荧光互补技术

樊晋宇;崔宗强;张先恩

中国生物化学与分子生物学报. 2008, 24(08): 767-774.

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双分子荧光互补（bimolecular fluorescence complementation， BiFC）是近年发展起来的用于体内或体外检测蛋白质相互作用的一项新技术.该技术是将荧光蛋白在合适的位点切开形成不发荧光的2个片段，这2个片段借助融合于其上的目标蛋白的相互作用，彼此靠近，重新形成能具有活性的荧光蛋白.BiFC方法简单直观，既可以检测蛋白之间的相互作用，也可以定位相互作用蛋白质的位点.多色BiFC系统共用或与荧光共振能量转移（FRET）技术联用，还可以检测细胞内多个蛋白质的相互作用.

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不同地域卵黄萤荧光素酶基因的克隆与序列分析

侯清柏;董平轩;李学燕;梁醒财

中国生物化学与分子生物学报. 2008, 24(08): 775-781.

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为了比较不同地域萤火虫荧光素酶基因的进化关系，通过GenBank中已知的荧光素酶基因保守区段设计引物，利用5′RACE（rapidamplification of cDNA ends）和3′RACE技术克隆了来自云南省文山州和西双版纳州的同种卵黄萤荧光素酶基因cDNA和全基因序列.来自不同地域的2种卵黄萤荧光素酶在基因序列上存在3个不同碱基位点，但是它们编码的荧光素酶只存在1个不同的氨基酸.卵黄萤荧光素酶基因全长（从起始密码子到终止密码子）1998 bp，包含7个外显子,6个内含子，其cDNA序列共1976 bp，包含102 bp 5′ UTR (untranslated region)、1635 bp的荧光素酶基因开放阅读框和239 bp的3′ UTR序列.卵黄萤荧光素酶基因的开放阅读框编码1个544个氨基酸的蛋白质，比同属的其它几种荧光素酶少4个氨基酸. 来自2个不同地域的卵黄萤荧光素酶在进化上是比较保守的，它们与北美萤火虫Photinus pyralis荧光素酶在碱基序列上分别有629%和63%相似性.

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