中国生物化学与分子生物学报

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杨立涛;刘爽;于常海

中国生物化学与分子生物学报. 2006, 22(04): 267-271.

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脑红蛋白(neuroglobin, Ngb)和细胞红蛋白(cytoglobin, Cygb)是新发现的2个携氧蛋白家族的成员.脑红蛋白主要存在于脑中，而细胞红蛋白在全身各个组织都含有，它们和另外2个携氧蛋白——血红蛋白和肌红蛋白的同源性<25%，但它们在种属之间的同源性很高(>95%).脊椎动物脑红蛋白基因定位于14q24，细胞红蛋白基因定位于17q25，都含有4个外显子和3个内含子.2种蛋白在生理条件下含有6个配位键，不同于血红蛋白和肌红蛋白的5个配位键结构.这2种新蛋白和氧都具有很高的亲和力，在缺氧条件下其基因及蛋白表达都有明显的提升，对细胞的存活有一定保护作用.对于脑红蛋白和细胞红蛋白的功能研究，有助于更好地了解机体氧代谢和氧利用过程，并为临床在缺氧损伤时的治疗提供新的观点和途径.

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基因芯片表达谱数据的预处理分析

吴斌;沈自尹

中国生物化学与分子生物学报. 2006, 22(04): 272-277.

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基因芯片数据的预处理是一个十分关键的步骤，通过数据过滤获取需要的数据、数据转换满足正态分布的分析要求、缺失值的估计弥补不完整的数据、数据归一化纠正系统误差等处理为后续分析工作做准备，预处理分析的重要性并不亚于基因芯片的后续分析，它将直接影响后续分析是否能得到预期的结果.本文重点综述了cDNA芯片的数据预处理，简要地概述寡核苷酸芯片的数据预处理.

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哺乳动物细胞小干扰RNA库的建立和应用

赵丽娜;刘志国;李婷婷;潘阳林;靳海峰;宁寒冰;樊代明

中国生物化学与分子生物学报. 2006, 22(04): 278-281.

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双链小干扰RNA（siRNA）在多种类型细胞中介导特异性的基因沉默，这一现象的发现为深入研究单个基因的功能提供了重要的方法学基础，从而得到了广泛的应用.最近的文献报道了全基因组siRNA库的建立，为高通量基因功能分析和研究提供了新的方法，成为新的研究热点.小干扰RNA库可以用来筛选和研究介导细胞复杂表型和生物学过程的关键基因，通过建立一系列具有目的表型的细胞系，有可能对特定细胞信号调节通路进行更为全面的解析.本文综述了目前在siRNA建库方法方面的进展，并探讨了建立小干扰RNA库中的关键问题.

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环核苷酸门控离子通道的结构、功能及活性调节

王正朝;黄瑞华;潘玲梅;李学斌;石放雄

中国生物化学与分子生物学报. 2006, 22(04): 282-288.

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环核苷酸门控离子通道（cyclic nucleotide-gated ion channels，CNG）是非选择性的阳离子通道，直接被环核苷酸活化.6个不同基因编码CNG离子通道蛋白，4个A亚单元(A1～A4)和2个B亚单元(B1,B3).CNG离子通道是由2个或3个不同的亚单元组成的异四聚体复合物，是Ca2+进入细胞内的主要通道之一.CNG离子通道的活性可被Ca2+ /CaM及磷酸化/去磷酸化作用所调节，从而改变细胞内钙离子浓度，触发一系列生理效应.近年来CNG离子通道的研究进展神速，成为生命科学的一个热点领域.本文对CNG离子通道的结构、功能及活性调节机制进行了综述.

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Axin在Wnt信号转导途径中的作用

金利华,李勤喜,叶志云

中国生物化学与分子生物学报. 2006, 22(04): 289-295.

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Wnt信号转导途径是调控细胞形状、运动、黏附、增殖、分化、癌变及机体发育等过程的主要途径之一.Axin(轴蛋白)是一个体轴发育抑制因子，作为构架蛋白在Wnt信号转导途径中起着关键的作用.Axin通过不同的机制调节β连环蛋白的磷酸化和稳定性.它通过与APC、GSK-3β、β连环蛋白和CKIα结合形成复合体促进β连环蛋白的降解，还通过同源二聚化、核质穿梭、自身磷酸化和稳定性的调控来调节β连环蛋白的稳定性.Axin通过Wnt信号转导途径参与了一系列生物学效应的调控，如体轴发育、细胞死亡、神经元的分化等.作为一个新发现的肿瘤抑制因子，axin将为癌症的诊断和治疗提供新的有效的手段.

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大肠杆菌P蛋白和T蛋白的调节结构域互换研究

薛乔,孙红颖,应跃斌,陈枢青

中国生物化学与分子生物学报. 2006, 22(04): 296-300.

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在细菌、真菌及植物中，分支酸是一种位于关键分叉点上的中间代谢物，是所有芳香族氨基酸合成的共同前体.它可在双功能酶分支酸变位酶(CM)和预苯酸脱水酶(PDT)的催化下合成苯丙氨酸，在另一个双功能酶分支酸变位酶和预苯酸脱氢酶(PDH)的催化下合成酪氨酸.前者被称为P蛋白，后者被称为T蛋白.大肠杆菌P蛋白和T蛋白有着类似的结构，P蛋白由CMp、PDT和调节结构域３个独立结构域组成，其变构调节因子是苯丙氨酸.T蛋白只有CMt和PDH两个独立结构域组成，起变构调节作用的调节结构域与PDH密不可分，其变构调节因子是酪氨酸.为了研究P蛋白和T蛋白的调节结构域的变构调节作用，应用融合蛋白技术将P蛋白和T蛋白的调节结构域进行了互换.结果发现，互换了的调节结构域仍然具有变构调节作用，而且调节结构域的互换导致了变构调节因子的互换，说明调节结构域对酶活性的调节作用是非专一的，而其R结构域与调节因子的结合却是专一的.

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核盘菌5-烯醇丙酮酰莽草酸-3-磷酸合酶的酶学性质

于寒颖;杨谦;李琳

中国生物化学与分子生物学报. 2006, 22(04): 301-307.

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核盘菌5-烯醇丙酮酰莽草酸-3-磷酸合酶（EPSP合酶）是AROM多功能酶的活性之一.该酶催化莽草酸磷酸（S3P）和磷酸烯醇式丙酮酸（PEP）产生5-烯醇丙酮酰莽草酸-3-磷酸和无机磷酸的可逆反应，受除草剂草甘膦（N-（膦羧甲基）甘氨酸）抑制.纯化了核盘菌AROM蛋白并对EPSP合酶进行了酶学特征研究.结果显示，该酶反应的最适pH值为7.2，最适温度为30℃.热失活反应活化能是69.62 kJ/mol.底物S3P和PEP浓度分别高于1 mmol/L和2 mmol/L时，对EPSP合酶反应产生抑制作用.用双底物反应恒态动力学Dalziel方程求得的Km(PEP)为140.98 μmol/L，K _m(S3P)为139.58 μmol/L.酶动力学模型遵循顺序反应机制.草甘膦是该酶反应底物PEP的竞争性抑制剂（Ki为0.32 μmol/L）和S3P的非竞争性抑制剂.正向反应受K⁺激活.当［K⁺］增加时，K _m(PEP)随之降低，Km(S3P)不规律变化，而K _i(PEP)随［K⁺］增加而提高.

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重组苦荞麦过敏蛋白TBa的原核表达及其免疫活性鉴定

王岚,李玉英,蔡桂红,张政,王转花

中国生物化学与分子生物学报. 2006, 22(04): 308-312.

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TBa ［tartary buckwheat allergen］是苦荞麦中的一种主要过敏蛋白.根据长度为585 bp 的TBacDNA序列，以pET-28a为表达载体并选择合适的酶切位点合成上、下游引物，采用基因克隆技术构建重组表达载体pET-28a-TBa.进一步将重组质粒转入大肠杆菌BL21(DE3) 中进行表达.从而获得以包涵体形式存在的TBa目的蛋白.该目的蛋白经Ni ²⁺ -NTA琼脂糖柱亲和纯化及SDS-PAGE分析显示, 纯度达到95% 以上.用透析复性的方法将目的蛋白重折叠，其复性产率可达到约68%.Western印迹证实，目的蛋白N端带有6个组氨酸标签.ELISA检测表明，通过基因重组及表达获得的重组苦荞麦过敏蛋白，与天然苦荞种子中的该蛋白具有相似的免疫学活性，与荞麦过敏病人血清中的IgE有特异性的结合.

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人SBK1 cDNA的克隆及其相互作用蛋白的筛选

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中国生物化学与分子生物学报. 2006, 22(04): 313-321.

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首次克隆到人的SBK1（homo sapiens SH3-binding domain kinase 1，SBK1）的cDNA序列，并通过生物信息学的手段，电子克隆到人SBK1的基因组DNA序列.人的SBK1是鼠SBK1的直系同源物，两者基因组DNA结构相似，均含有4个外显子.人的sbk1基因ORF长1 275 bp，编码424个氨基酸，而鼠的ORF长1 254 bp，编码417个氨基酸.两者编码区的核苷酸序列同源性达87.7%，而氨基酸序列同源性达95.7%，在羧基端均有一个PV富集区，推测其能与含有SH3结构域的蛋白质结合.将RT－PCR所获得的长度为1 610 bp的sbk1cDNA序列搜索EST数据库，进行电子延伸，最终获得了约5 kb的人sbk1全长mRNA序列，它与鼠的sbk1全长mRNA大小一致；通过比较基因组学发现UniGene族Hs.97837实际上代表了sbk1基因UniGene族Hs.460471的3′UTR区域，而不是代表了一个新的UniGene族.采用酵母双杂交技术，以SBK1为“诱饵”，获得了与之相互结合的蛋白表皮生长因子受体EGFR和核孤儿受体蛋白NR4A1，它们之间的具体功能关系有待进一步研究.

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人FXR基因5′调控区功能分析

娄桂予,陈敏,李渝萍,李强,陈彬,陈健,廖荣霞,周度金

中国生物化学与分子生物学报. 2006, 22(04): 322-327.

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为研究人法尼酯衍生物X受体（FXR）基因5′调控区的功能，在对人FXR基因进行生物信息学分析的基础上，用5′RACE法确定该基因的转录起始位点碱基是A.采用PCR技术，扩增人基因组DNA中FXR基因5′上游序列，构建了5种含不同长度启动子序列的荧光素酶报告基因表达体系.将它们瞬时转染HepG2细胞，检测其荧光素酶活性.结果表明，－1　651～+200、－1　496～+200区域的启动子活性无明显区别，－847～+200区域的启动子活性最高，－544～+200区域启动子活性较前显著降低.研究提示，FXR基因转录所必需的基因启动子序列在－847～－544范围内.

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猪鼻支原体膜蛋白p37酶切修饰的质谱分析

刘文斌,孟麟,姜北海,寿成超

中国生物化学与分子生物学报. 2006, 22(04): 328-332.

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p37是猪鼻支原体的膜脂蛋白，有潜在的致癌活性.在对真核表达的p37蛋白分析时发现，p37表现为不同大小的分子片段，提示其存在蛋白质修饰.为了对p37的确切修饰进行分析，进而为其功能研究奠定基础，在构建不同融合蛋白表达质粒并证明其存在修饰蛋白的基础上，通过飞行质谱及N端氨基酸序列测定，分析了p37蛋白的精确分子量和酶切修饰的大致部位，发现3种形式的p37蛋白的精确分子量分别为47 644、46 105和43 984.p37蛋白在其N端被信号肽酶切去1个21肽，在其C端被蛋白酶切去1个18～26小肽后，成为分子量为43 984的成熟p37蛋白. 对p37不同酶切修饰片段的分析将有助于对p37蛋白生物学功能及意义的研究.

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Smad4分子在ERK/MAPK信号转导通路中的作用

何欣蓉;霍艳英;胡迎春;李刚;刘敏丽;宋博强;米粲;吴德昌

中国生物化学与分子生物学报. 2006, 22(04): 333-337.

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为了探讨在人永生化支气管上皮细胞BEP2D细胞中，Smad4分子对 ERK/MAPK通路的作用，我们用RNA干扰的方法分别设计了两对Smad4siRNA，并使BEP2D细胞中Smad4靶向沉默，用Western印迹分析了细胞内ERK激酶和MEK激酶磷酸化水平的变化.结果发现，当Smad4表达沉默后，ERK激酶磷酸化水平未变，MEK激酶磷酸化水平有所降低；再加TGF-β1诱导后ERK激酶和MEK激酶磷酸化水平均显著降低至基础水平以下.结果表明在BEP2D细胞中，Smad4的缺失抑制TGF-β1对ERK/MAPK通路的活化，故提出TGFβ活化ERK/MAPK通路需要Smad4存在的假设.

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G15V点突变对水稻OsRacD基因蛋白产物效应的影响

梁卫红;吴乃虎

中国生物化学与分子生物学报. 2006, 22(04): 338-342.

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在水稻OsRacD基因编码GTPase结构域处，采用PCR方法引入G15V点突变模拟GTP结合形式的OsRacD.原核表达并纯化了突变前后的OsRacD蛋白，用于蛋白生化活性的分析.结果显示，突变后的OsRacD蛋白在GTP水解活性上有显著的提高，提示OsRacD在激活前后具有不同的蛋白生化特性，而且可能通过不同的胞内互作蛋白，引发不同的信号传递，证实了OsRacD在Rho信号转导通路中“分子开关”的重要作用.

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p53、bax和bcl-2基因在SO ₂染毒大鼠肝中的表达

白巨利,孟紫强

中国生物化学与分子生物学报. 2006, 22(04): 343-348.

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为了进一步探讨SO₂的毒理学作用机制，运用荧光实时定量RT-PCR和免疫组化技术研究SO2吸入对大鼠肝细胞中p53、bax和bcl-2三种细胞凋亡相关基因mRNA和蛋白表达的影响.结果显示，肝中p53和bax mRNA水平呈剂量依赖性增加，在SO ₂浓度为28.00和56.00 mg/m3时显著增加（p53 mRNA在28 mg/m ³为1.30倍，在56 mg/m^3为3.43倍；bax mRNA在28 mg/m3为1.63倍，在56 mg/m³为2.17倍）；而bcl-2 mRNA水平显著降低（在28 mg/m3为0.63倍，在56 mg/m ³为0.45倍）.免疫组化实验结果表明，吸入SO ₂后，大鼠肝中p53和bax蛋白表达水平呈剂量依赖性增加，而bcl-2蛋白表达水平呈剂量依赖性降低.结果表明，SO2可以改变凋亡相关基因的表达，诱导大鼠肝组织细胞凋亡，这可能与一些凋亡相关疾病的发生有关.

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