中国生物化学与分子生物学报

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李载权,周爱儒,唐朝枢

中国生物化学与分子生物学报. 2004, 20(03): 283-288.

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内质网应激是导致心脑组织缺血梗塞、神经退行性疾病等发生的重要环节 .目前发现同型半胱氨酸、氧化应激、钙代谢紊乱等都能引起内质网应激级联反应 ,表现为蛋白质合成暂停、内质网应激蛋白表达和细胞凋亡等 .这些表现包括在未折叠蛋白反应 (UPR)、整合应激反应 (ISR)和内质网相关性死亡 (ERAD)三个相互关联的动态过程中 ,每一过程的分子机理现已逐步被揭示 .作为细胞保护性应对机制的内质网应激体系一旦遭到破坏 ,细胞将不能合成应有的蛋白质 ,亦不能发挥正常的生理功能 ,甚至会出现细胞凋亡 .掌握内质网应激过程对进一步理解多种疾病的发生机理有十分重要的理论意义

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无细胞蛋白质合成系统的研究进展

徐志南,陈海琴,汪家权,岑沛霖

中国生物化学与分子生物学报. 2004, 20(03): 289-293.

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无细胞蛋白质合成系统是一种以外源mRNA或DNA为模板 ,通过在细胞抽提物的酶系中补充底物和能源物质来合成蛋白质的体外系统 .与传统的体内重组表达系统相比 ,体外无细胞合成系统具有多种优点 ,如可表达对细胞有毒害作用或含有非天然氨基酸 (如D 氨基酸 )的特殊蛋白质 ,能够直接以PCR产物作为模板同时平行合成多种蛋白质 ,开展高通量药物筛选和蛋白质组学的研究等 .本文综述了无细胞蛋白质合成系统的发展历史、系统中合成蛋白质所需的能量供应、遗传模板的稳定性和微型无细胞生物反应器等多方面的研究 ,并探讨了无细胞蛋白质合成系统中存在的难点、研究方向和广泛的应用前景

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食蟹猴疟原虫 (Plasmodium cynomolgi)中一个真核翻译起始因子4A(eIF-4A)同源蛋白的cDNA克隆、表达和ATP酶活性测定(英文)

宋平,张竞男,胡珈瑞,李奎

中国生物化学与分子生物学报. 2004, 20(03): 294-304.

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真核翻译起始因子 4A(eukaryoticinitiationfactor 4A ,eIF 4A)是DEAD盒蛋白家族的ATP依赖性的RNA解旋酶类中的一个原型成员 .它在真核细胞的蛋白质合成的起始过程中起着关键性作用 .通过PCR扩增和放射探针杂交相结合的方法筛选食蟹猴疟原虫 (Plasmodiumcynomolgi)的cDNA文库 ,克隆了一个eIF 4A同源蛋白的完整cDNA序列 ,命名为CH1F .CH1F全长 1 75 3bp ,包含一个1 1 97bp的完整阅读框 ,推测编码一个由 398个氨基酸组成的蛋白 .对CH1F的蛋白序列用BlastP进行搜索和分析 ,提示它应该是DEAD盒家族的一个eIF 4A同源蛋白 ;用DNAStar将其与许多典型的DEAD盒蛋白序列进行比对分析 ,结果显示 :比起其它的DEAD盒蛋白 ,它与eIF 4A或eIF 4A的同源蛋白具有更高的同源性和更多序列上的相似结构域 .将包含完整阅读框的片段亚克隆进表达载体pET 2 8a (+) ,在大肠杆菌DH5α中表达 ,产生的融合蛋白大小在 4 5kD左右 .对该融合蛋白进行纯化、重新折叠和初步鉴定 .ATP酶活性检测显示 ,该融合蛋白只有很低的ATP酶活性 ,而且它的ATP酶活性似乎不依赖于核酸底物 .对这一检测结果给出 3种可能的原因 .这一检测结果与根据序列分析得到的推论———CH1F蛋白可能是一个eIF 4A并不矛盾

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以TNFα为基础并靶向于白细胞介素15受体的融合蛋白的构建及功能研究(英文)

丁蕾,刘芳,毛晓华

中国生物化学与分子生物学报. 2004, 20(03): 305-310.

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IL 1 5及IL 1 5R阳性细胞在成人T淋巴细胞性白血病 (ATL)、多发性骨髓瘤及炎症性自身免疫性疾病病理过程中起着重要作用 .应用基因重组技术 ,构建、表达靶向于IL 1 5受体的两种融合蛋白 ,为研制特异的可消除IL 1 5R高表达细胞的导向药物奠定基础 .将人IL 1 5成熟肽基因及IL 1 5R拮抗剂 (IL 1 5M)基因片段分别与人工改造的人肿瘤坏死因子突变体 (TNFαM)基因按正确的阅读框架融合 ,定向克隆在pET1 6b表达载体T7启动子的下游 ,得到质粒pET IL 1 5 TNFαM和pET IL 1 5M TNFαM .从大肠杆菌相应重组菌株中通过Ni2 + NTA亲和层析分别纯化出两种融合蛋白IL 1 5 TNFαM和IL 1 5M TNFαM .IL 1 5 TNFαM和IL 1 5M TNFαM对IL 1 5R阳性红白血病细胞K5 6 2的杀伤作用分别是TNFα的 4和 1 5倍 ,两种蛋白对IL 1 5R阴性细胞系Jurkat的杀伤作用则没有明显差异且均弱于TNFα .这些结果说明 ,两种融合蛋白特别是IL 1 5受体拮抗型蛋白IL 1 5M TNFαM对与IL 1 5 IL 1 5R异常表达相关的疾病可能具有潜在的治疗价值

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消减杂交筛选2BS细胞衰老过程中差异表达基因

赵亮,童坦君,张宗玉

中国生物化学与分子生物学报. 2004, 20(03): 311-318.

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细胞的复制性衰老最终导致不可逆的G1 期阻滞 ,研究此过程中差异表达基因对于阐明衰老发生机制有重要意义 .分别构建年轻和衰老 2BS细胞高表达基因的消减文库 ,经点杂交筛选后共得5 3个差异表达基因 .对其中部分基因的VirtualNorthern印迹分析证实差异表达确实存在 .选择Y1 1 4和S1 1 1片段 ,以Northern印迹分析确证其表达变化 ;并通过对新生儿和老年人白细胞中二者的表达分析 ,显示二者在体内也存在与体外衰老过程相一致的随增龄表达变化 .结果在一定程度上体现了 2BS细胞衰老过程中基因表达谱的变化 ;首次报道了TSSC3(tumorsuppressingsubtransferablecandidate 3)、hnRNPK (heterogeneousnuclearribonucleoproteinK)等基因在成纤维细胞衰老时发生差异表达 ;通过对Y1 1 4和S1 1 1在体内衰老时的表达分析 ,显示体内和体外衰老有一定的相关性

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胡萝卜DcPAB基因的分离及其结构与功能分析

林慧馨,张雷,杨志攀,黄美娟,吴乃虎

中国生物化学与分子生物学报. 2004, 20(03): 319-324.

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运用改进的减法杂交技术分离到胡萝卜Poly(A)结合蛋白基因DcPAB .其cDNA编码区长度为 1 977bp ,编码 6 5 8个氨基酸和 1个终止密码子 .基因组转录序列区长度为 4 6 1 6bp ,包含 9个外显子和 8个内含子 .DcPAB在胡萝卜基因组中为单拷贝基因 .该基因在胡萝卜体细胞胚中特异性表达 ,且其表达活性在调控解调控前后有明显差异 .体外结合实验表明 ,在大肠杆菌中表达并纯化的DcPAB蛋白具有与oligo(A) 2 0 特异性结合的性能 .酵母突变体互补实验进一步证明 ,该基因可以互补PAB基因缺失的酵母突变体的功能缺陷

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人骨唾液蛋白基因的克隆及其在毕赤酵母中的表达

王捷,董燕,张宏斌,武婕,郑文岭

中国生物化学与分子生物学报. 2004, 20(03): 325-329.

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利用RT PCR技术 ,从人骨膜组织总RNA中扩增长度为 1kb的人骨唾液蛋白 (bonesialoprotein ,BSP)基因编码区序列 ,克隆至pBluescriptⅡ ,进行双链核苷酸序列测定 .构建人BSP毕赤酵母表达质粒pPICZaA hBSP并导入毕赤酵母PichiapastorisGS1 1 5 .SDS PAGE和Western印迹检测rhBSP的分泌表达 .采用镍离子亲合层析纯化rhBSP并检测生物学活性 .结果表明 ,克隆片段与基因库所登录的序列相一致 ,分泌表达的rhBSP His融合蛋白分子量约为 6 7kD ,占培养上清总蛋白的 80 % ,浓度约为 0 2 4 8g L ,rhBSP蛋白具有抑制羟基磷灰石晶体生长的活性

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软体动物基因改写性激素进化史

李潇

中国生物化学与分子生物学报. 2004, 20(03): 329-329.

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HCVIRES介导萤火虫荧光素酶翻译的双顺反子载体的构建与在小鼠体内的表达

詹林盛,饶林,彭剑淳,王全立

中国生物化学与分子生物学报. 2004, 20(03): 330-334.

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将HCVIRES插入双报告基因海肾荧光素酶 (Rluc)基因和萤火虫荧光素酶 (Fluc)基因之间 ,建立了“依赖帽子的扫描机制”翻译表达Rluc ,HCVIRES调控Fluc翻译的双顺反子表达载体pCI Rluc HCVIRES Fluc ,通过酶切反应及转染HepG2细胞鉴定双荧光素酶瞬间表达活性等试验 ,证实获得了表达双荧光素酶的双顺反子载体 .并应用水压转染法将双顺反子表达质粒导入小鼠体内 ,在小鼠肝脏检测到高水平表达的Rluc和Fluc .该研究成功构建一种HCVIRES介导萤火虫荧光素酶基因表达的双顺反子载体 ,并在HepG2细胞及小鼠体内进行了瞬时表达 ,为进一步建立稳定评价靶向HCVIRES药物作用的细胞及小动物模型研究奠定了基础

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CETP基因变异使长寿老人血中多大颗粒胆固醇

李潇

中国生物化学与分子生物学报. 2004, 20(03): 334-334.

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67kD层粘连蛋白受体的克隆、表达及其对肝癌细胞侵袭能力的影响

郑大利,黄清玲,蒋雪梅,彭碧文,林建银

中国生物化学与分子生物学报. 2004, 20(03): 335-340.

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探讨细胞膜表面 6 7kD层粘连蛋白受体 (6 7kDlamininreceptor ,6 7LR)在肝癌细胞侵袭转移中的作用 ,从肝癌细胞中提取RNA ,通过RT PCR扩增 6 7LR的前体——— 37kD层粘连蛋白受体前体(37kDlamininreceptorprecursor,37LRP)基因并定向克隆到真核表达载体pcDNA3.1 myc His(- )A ,采用脂质体将重组质粒转染到HepG2肝癌细胞中 ,通过G4 1 8筛选和RT PCR、流式细胞术鉴定 ,获得了细胞膜表面 6 7LR高表达 (阳性率为 6 9.2 % )和低表达 (阳性率为 1 1 .7% )的细胞克隆 ,采用体外细胞侵袭实验测定不同细胞的侵袭能力 ,发现膜表面 6 7LR高表达的细胞侵袭能力明显高于低表达及不表达细胞 ,说明 6 7LR在肝癌细胞侵袭转移过程中可能具有重要意义

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利用随机多肽文库研究ZO-1中PDZ3结构域的配体结合特点

郭佳岩,宋婀莉,黄海明,马素参,高友鹤

中国生物化学与分子生物学报. 2004, 20(03): 341-346.

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建立一种研究PDZ结构域配体结合特点的简单方法 .利用酵母双杂交技术从随机多肽文库中寻找所有可能与ZO 1中PDZ3结构域结合的C末端序列 ,从现有蛋白质数据库中检索所有具有该C末端蛋白 .利用液体培养物 β 半乳糖苷酶检测实验 ,比较文库中筛选的C末端序列和已知的PDZ3结构域结合配体———JAM的C末端 (SFLV)与PDZ3结构域结合的强弱 .共筛选到 3个阳性克隆 ,其C末端序列分别为 LGWV、 LVWV和 DEWV .前 2者属于第二类PDZ结构域 ,后者属于第三类 .蛋白质数据库检索结果表明 ,有多个蛋白质具有 LGWV、 LVWV末端 ,没有检索到任何具有 DEWV末端的蛋白质 .结合强度实验结果表明 ,它们与PDZ3结构域结合强度依次为 DEWV > LGWV > LVWV > SFLV ,说明筛选的 3个C末端除了反映ZO 1中PDZ3结构域可能的潜在结合配体外 ,也有可能成为JAM蛋白阻断性试剂甚至药物的重要组成部分之一 .利用随机多肽文库 ,可以尽可能寻找所有可能与PDZ结构域结合的C末端序列 ,大大提高了基因文库筛选的效率

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第三届国际人类蛋白质组大会将于2004年10月在北京召开

中国生物化学与分子生物学报. 2004, 20(03): 346-346.

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Hsp/Hsc70相互作用蛋白CHIP在大鼠肾纤维化组织中的高表达

徐夏莲,辛宏,李林钰,张慧,黄海长,常智杰

中国生物化学与分子生物学报. 2004, 20(03): 347-351.

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利用DNA重组技术 ,将编码人Hsp Hsc70相互作用蛋白CHIP(carboxylterminusofHsc 70 interactingprotein ,CHIP)全长、N端TPR及C端U box结构域的DNA片段分别构建于融合表达质粒pGEX 5X 1中 ,转化大肠杆菌 .纯化GST CHIP融合蛋白 ,制备了特异性识别人、小鼠及大鼠组织细胞内CHIP蛋白的多克隆抗体 .利用该抗体 ,对多种组织、细胞的内源性CHIP蛋白进行了检测 .发现在肾组织中 ,CHIP主要表达于皮质、髓质小管上皮细胞的胞浆中 ,且在单侧结扎输尿管所至的大鼠肾纤维化模型 (UUO)组织中 ,CHIP的表达较假手术组有显著增强趋势

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刘思职院士纪念铜像揭幕仪式在北京大学医学部举行

李刚

中国生物化学与分子生物学报. 2004, 20(03): 351-351.

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TLR4全长及其截断体重组腺病毒的制备和功能鉴定

宋革,孙学刚,秦清和,邓鹏,刘靖华,姜勇

中国生物化学与分子生物学报. 2004, 20(03): 352-357.

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制备脂多糖 (LPS)Toll样受体 4 (TLR4 )全长及其胞内段缺失的TLR4截断体 (ΔTLR4 )的绿色荧光蛋白重组腺病毒并鉴定其功能 .用PCR方法扩增TLR4及ΔTLR4基因片段 ,酶切后亚克隆至腺病毒穿梭质粒中 ,形成带有目的基因的穿梭载体pAdTrack TLR4和pAdTrack ΔTLR4 .用BJ5 1 83细菌同源重组法将目的基因重组于腺病毒骨架载体中 ;将重组腺病毒质粒用PacⅠ酶切线性化后 ,用脂质体法转染HEK 2 93细胞进行腺病毒的包装扩增 .将重组腺病毒感染CHO K1细胞 ,采用荧光毒酶报告基因方法检测其对LPS诱导NF κB激活的影响 .酶切及测序表明 ,TLR4全长及其截断体ΔTLR4的重组腺病毒载体构建正确 .荧光素酶报告基因检测结果表明 ,TLR4全长及其截断体的重组腺病毒感染细胞对LPS诱导的反应具有不同的影响 ,Ad ΔTLR4明显抑制了LPS引起的NF κB激活 (P <0 0 5 ) ,Ad TLR4则使LPS引起的NF κB活性增强 (P <0 0 5 ) .LPS对细胞的激活作用依赖于TLR4的结构完整性

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干细胞生长因子促使肝脏快速再生

李潇

中国生物化学与分子生物学报. 2004, 20(03): 357-357.

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mTOR及其底物在HeLa细胞的细胞周期不同时相中的表达

刘奕,Sujuta HIDAYAT,米泽一仁,于秉治

中国生物化学与分子生物学报. 2004, 20(03): 358-362.

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为探讨细胞生长的机制 ,用RT PCR、Western印迹及蛋白激酶活性测定等方法对同步化的HeLa细胞的细胞周期不同时相中mTOR(mammaliantargetofrapamycin) ,p70S6激酶 (p70S6K)的α1 、α2 、β1 、β2 不同亚型及起始因子 4E结合蛋白 1 (4EBP1 )的表达进行了检测 .RT PCR的结果表明 :在G1 、S1 、G2 、M1 、M2 几个细胞周期时相中 ,mTOR的mRNA表达无明显变化 .mTOR的底物P70S6K的亚型α1 、α2 、β1 、β2 在M期表达均有明显增加 .4EBP1的表达在M期明显减少 .免疫印迹的结果与RT PCR的一致 ,即M期p70S6K的α1 、α2 、均有增加 ,4EBP1在M期减少 .活性测定表明 ,G2 期、M期mTOR较其它期有明显增加 ,4EBP1在M期活性有所下降 .研究结果表明 :mTOR、p70S6K、4EBP1很可能在HeLa细胞的生长中起重要的调节作用

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ERα与Sp1相互作用激活LRP16启动子转录活性

赵亚力,韩为东,母义明,李琦,李雪,宋海静,卢学春,于力,陆菊明,潘长玉

中国生物化学与分子生物学报. 2004, 20(03): 363-369.

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根据已报道的LRP1 6启动子序列 (2 6kb) ,采用PCR反应获得 6个启动子 5′删除突变体 ,分别插入pGL3 Basic载体 ,构建 6种 5′缺失报告基因表达载体 (pS1 ～pS6) .分别与ERα真核表达载体共转染MCF 7细胞 .用双荧光素酶报告系统测定荧光素酶活性 ,以明确LRP1 6基因上游启动子区域中的雌激素反应序列 .结果显示 ,pS1 ～pS6均有雌二醇反应性 .进而对pS5的 3′端缺失分析发现LRP1 6基因翻译起始位点上游 - 2 1 4至 - 2 5 1位置的序列具有雌激素应答 ,序列分析发现该片段序列中包含了一个供转录因子Sp1结合的GC富含位点和一个ERα反应元件的半位点 (1 2ERE Sp1 ) ,进一步突变分析显示这两个元件均为雌激素反应性所必需 .以含这两个顺式元件的序列 (- 2 5 3bp至 - 2 2 4bp)作为探针 ,超级迁移凝胶电泳试验结果表明了ERα和Sp1蛋白均可以和探针结合 .研究发现了雌激素上调LRP1 6基因表达的一个增强子元件— 1 2ERE Sp1 ,ERα和Sp1蛋白需要与DNA结合形成复合体 ,通过其相互作用激活转录

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抗HCV的蛋白酶抑制剂BILN2061

李潇

中国生物化学与分子生物学报. 2004, 20(03): 369-369.

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E1A基因转导抑制小鼠血管内皮细胞的激活

鲍国强,程萱,贾延军,李素波,刘泽澎,杨晓,宫锋,章扬培

中国生物化学与分子生物学报. 2004, 20(03): 370-375.

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延缓性排斥反应 (delayedxenograftrejection ,DXR)是进行异种器官移植亟待解决的问题之一 .在DXR过程中 ,核心事件之一是核转录因子NF κB的激活 .人腺病毒 5 (Ad5 )的早期转录产物E1A蛋白可抑制以NF κB为核心的信号转导系统 .利用转基因技术向小鼠的受精卵导入了E1A基因 ,PCR和Southern印迹检测了 4 4只仔鼠 ,其中有 8只整合了E1A基因 .RT PCR检测发现 ,3只小鼠F1代的心、肝、肾等脏器都有E1AmRNA的表达 ,小鼠表型正常 .通过尾静脉向转基因阳性小鼠体内注射人灭活血清 ,模拟DXR发生的生理过程并用免疫荧光检测脏器细胞表面炎症分子E 选择素的表达水平 .结果表明 ,E1A基因的转导显著抑制了小鼠脏器细胞表面E 选择素的表达 ,为解决DXR的发生提供了可行的途径

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垂体腺苷酸环化酶激活肽基因合成表达和产物纯化与鉴定

余榕捷,洪岸,张玲,周天鸿,戴云,高媛

中国生物化学与分子生物学报. 2004, 20(03): 376-382.

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为利用基因工程技术获得垂体腺苷酸环化酶激活肽 (pituitaryadenylatecyclaseactivatingpolypeptide ,PACAP) ,根据大肠杆菌的密码偏好性 ,设计并人工合成编码 38个氨基酸的PACAP基因 .克隆到表达载体pET 35b(+) ,构建重组质粒pET PACAP ,转化大肠杆菌BL2 1 (DE3)pLysS+ .实现纤维素结合域 (cellulosebindingdomain ,CBD)与PACAP融合蛋白的表达 ,并在两者之间引入 (凝血 )因子Ⅹa识别位点 (Ile Glu Gly Arg↓ ) .融合蛋白CBD PACAP经纤维素亲和层析纯化后 ,因子Ⅹa酶切释放PACAP .在因子Ⅹa识别位点前引入 7个氨基酸的柔性短肽 (Gly Thr Gly Gly Gly Ser Gly)明显提高了融合蛋白对因子Ⅹa的敏感性 .HPLC进一步纯化得到纯度大于 95 %PACAP多肽 .所得的PACAP多肽的Western印迹鉴定为阳性 ;激光飞行质谱测定分子量结果与理论值相符 .生物活性分析表明 ,所制备的PACAP具有促进胰腺癌细胞株SW 1 990胞内cAMP合成的活性

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促酰化蛋白(ASP)诱导3T3-L1前脂肪细胞分化

卢慧玲,王宏伟,Katherine CIANFLONE,林汉华

中国生物化学与分子生物学报. 2004, 20(03): 383-386.

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促酰化蛋白 (ASP)代替经典激素“鸡尾酒”诱导法中胰岛素 ,通过形态学观察、油红染色分化百分比测定、脂肪细胞甘油三酯合成率和甘油三酯总量测定 ,并与经典激素“鸡尾酒”法诱导前脂肪细胞分化情况比较 ,探讨ASP是否具有诱导 3T3 L1前脂肪细胞分化作用 .ASP组诱导分化第 6d ,3T3 L1前脂肪细胞变大、变圆 ,出现大量脂肪滴 ,形态由前脂肪细胞向成熟脂肪细胞转变 ;随着诱导分化时间延长 ,胞浆中脂滴进一步积累 .分化 9d时 ,3T3 L1前脂肪细胞分化完全 .油红染色结果显示 ,ASP组分化率很高 (85 % ) ,与胰岛素组分化率 (90 % )相似 ,明显高于IBMX +DEX组 (4 0 % ) .ASP不仅促进 3T3 L1前脂肪细胞形态向成熟脂肪细胞转化 ,同时促进细胞中甘油三酯的合成和积累 .ASP组诱导分化第 3d时 ,脂肪细胞甘油三酯合成率明显高于对照组和IBMX +DEX组 ,但仍低于胰岛素组 ;在分化第 6d和第 9d时 ,ASP组甘油三酯合成率进一步升高 ,与对照组和IBMX +DEX组相比差异有极显著性 ,与胰岛素组相比无显著性差异 .ASP组诱导分化 3d时 ,脂肪细胞中甘油三酯总量明显高于对照组和IBMX +DEX组 ;分化 6d和 9d时 ,甘油三酯总量进一步升高 ,与对照组和IBMX +DEX组相比差异有极显著性 ,而与胰岛素组相比无显著性差异 .结果表明 ,新型脂源性激

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四步法消除SYBR GreenⅠ实时定量RT-PCR中引物二聚体的影响

张驰宇,张高红,杨敏,贲昆龙

中国生物化学与分子生物学报. 2004, 20(03): 387-392.

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为建立一种新的SYBRgreenⅠ实时定量RT PCR方法 ,使之能够有效消除引物二聚体 (PDs)对实时定量结果的影响 .对RT PCR特异性扩增产物和PDs分别进行了凝胶电泳检测和熔解曲线分析 .依据PDs和扩增产物的熔解温度 (Tm)特点 ,在通用的三步法的延伸步骤之后 ,增加一个短暂的 (5s)恒温和荧光检测步骤 ,使这个步骤的温度高于PDs的Tm,但低于扩增产物的Tm,简称该法为四步法 .PDs的Tm 通常高于 72℃ ,但低于扩增产物的Tm .将四步法第四步的温度设置在高于PDs的Tm ,但低于扩增产物的Tm 时 ,四步法能够有效地消除PDs的影响 .对三步法和四步法SYBRgreenⅠ实时定量RT PCR进行了比较 ,发现三步法根本不能用于RNA的实时定量 ,而四步法能够实现包括低丰度RNA在内的RNA的定量 .选择Tm 值尽可能小的引物 ,使PDs与扩增产物Tm 值之间有足够的差距 ,将更有利于四步法的应用 ,并可成功地用于低丰度RNA的准确定量

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牛血清白蛋白胰蛋白酶酶解产物的色谱-质谱联用分析及其三种数据库搜寻鉴定方法的比较

王贤纯,范春明,唐新科,陈平,梁宋平

中国生物化学与分子生物学报. 2004, 20(03): 393-398.

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利用反相高效液相色谱 (RP HPLC)和电喷雾串联质谱 (ESI MS MS)联用技术直接对模式蛋白分子 (牛血清白蛋白 ,BSA)的胰蛋白酶酶解产物进行分离和测定 .获得的一系列BSA酶解片段的一级 (MS)和二级 (MS MS)质谱数据经分析软件处理后 ,分别在不同处理和不同参数条件下 ,用 3种不同的方法通过网上蛋白质数据库进行蛋白质搜寻鉴定 .结果显示 ,3种搜寻法都能正确地鉴定该蛋白质 ,其中以利用MS数据的肽质量指纹谱搜寻法 (PMF法 )较为快捷方便 ,但鉴定结果易受数据处理和数据库搜寻鉴定时参数设置等因素的影响 ;利用未解析MS MS数据 (rawMS MSdata)的搜寻法可在较宽的搜寻参数变化范围内获得明确的鉴定结果 ;而借助从头测序 (denovosequencing)结果的序列搜寻法 (sequencequery)则显示出更高的专一性 ,利用较少酶解片段数据就能得到稳定和明确的鉴定结果 ,搜寻参数变化的影响很小 .就酶解条件、数据处理和搜寻参数设置对蛋白质鉴定结果的影响展开详细的讨论 ,为蛋白质组学研究中的数据处理和库搜寻鉴定积累了可借鉴的资料

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软件预测和MAST技术筛选mRNA反义核酸靶点的比较

毛建平,Zicai LIANG,毛秉智

中国生物化学与分子生物学报. 2004, 20(03): 399-407.

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基因mRNA的结构靶点筛选是反义核酸药物研发的一个难题 .兔 (Oryctolaguscuniculus) β珠蛋白基因mRNA的结构靶位点通过运用MAST技术筛选获得 ,和计算机软件RNAstructure3 71模拟分析的位点进行了比较 ,也和寡核苷酸微阵列杂交技术筛选获得的靶点结果 (M .Natalie ,1 997)进行了比较 ,显示 :据MAST技术获得的兔 β珠蛋白基因 2个反义核酸结合靶位点 ,和用RNAstructure3 71软件给出的模拟分析的 2个靶位点相同 ,且它们与寡核苷酸微阵列杂交技术的结果完全一致 .运用MAST技术筛选获得绿色荧光蛋白 (GFP)mRNA有 4个结构靶位点 ,体外分析表明这 4个靶位点均有效 ,其中有 3个与RNAstructure3 71软件分析的靶点相同 ,但计算机模拟推荐的结构靶位点较多 ,而且随着基因长度增加确认靶位点的难度增大 ,获得的靶位点还需要实验验证 ,计算机软件模拟分析对实验筛选靶点、设计反义核酸有辅助价值 .MAST方法能筛选各种长度基因mRNA的全部可及位点和准确给定核苷酸的起止位置以供设计反义核酸 ,具有简单快捷的优点 ,将能为反义核酸设计起重要作用 .

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利用真菌纤维素结合域(CBD)保守性序列进行草菇木聚糖酶cDNA的克隆

丁少军,J.A.BUSWELL

中国生物化学与分子生物学报. 2004, 20(03): 408-412.

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猪Ⅱ型圆环病毒ORF1基因克隆及在E.coli中的表达

郗鑫,陈焕春,李川,刘正飞,曹胜波,琚春梅

中国生物化学与分子生物学报. 2004, 20(03): 413-417.

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可溶性人TRAIL分子的制备及其抗肿瘤活性

唐蓓,何凤田,蔡绍皙

中国生物化学与分子生物学报. 2004, 20(03): 418-422.

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